1941 г. остатки дивизии судами по глади Финского залива эвакуированы в Ленинград. Уже с 1 октября дивизия заняла позиции для обороны города на Неве южнее села Рыбацкого. В октябре-ноябре проводила несколько контрнаступлений в районе Усть-Тосно и Колпино, до 31 декабря 1941 г. вела ожесточённые бои по сдерживанию противника при колоссальных потерях. В этот период времени Фёдор Васильевич получает лёгкое ранение и в феврале 1942 г. его отправляют на излечение в 1-й эвакуационный госпиталь 42-й армии, который располагался в пос. Осиновая Роща севернее Ленинграда. Если бы знал тогда Фёдор Васильевич, что именно его 268-я стрелковая дивизия в феврале 1944 г. будет освобождать территорию Струго-Красненского района, то, возможно, не покинул бы дивизионный медсанбат, но судьба распорядилась иначе. Хотя полученное ранение и значилось лёгким, но пролежать в госпитале пришлось вплоть до ноября 1942 г., а ведь это был самый тяжёлый блокадный год, обеспечение тыловых частей и госпиталей было примерно таким же, как и гражданского населения Ленинграда.
Пережив 10 месяцев блокады, после излечения, в декабре 1942 г. Фёдор Васильевич был направлен на Юго-Западный фронт и зачислен в состав 221-го гаубичного артиллерийского полка 23-й гаубичной артиллерийской бригады 9-й артиллерийской дивизии. Артиллерист, орудийный номер Андреев принимал участие в стратегической операции «Уран», которая продолжалась до февраля 1943 г. и завершилась освобождением города Сталинграда и полным разгромом 6-й немецкой армии Ф. Паулюса.
После освобождения Сталинграда, 9-я артдивизия была направлена на освобождение Белгорода и Харькова, а с августа 1943 г. участвовала в Донбасской операции. В сентябре 1943 г. Фёдор Васильевич получает второе ранение и 20 сентября поступает на излечение в 1234-й эвакогоспиталь, где пребывает до декабря.
30 декабря 1943 г. рядовой Андреев зачислен в 100-й гвардейский стрелковый полк 35-й гвардейской стрелковой дивизии заряжающим в батарею 120-мм полковых миномётов. Дивизия участвовала в освобождении Николаевской области (Березнеговато-Снигирёвская наступательная операция) и Одессы (Одесская наступательная операция). За мужество личного состава, проявленное в боях за Одессу дивизия была награждена орденом Богдана Хмельницкого II ст., а гвардии рядовой Андреев получил благодарность от Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина. До июня 1944 г. дивизия вела бои на р. Днестр в районе Шерпенского плацдарма.
10 июля 1944 г. 35-я гвардейская стрелковая дивизия переброшена на 1-й Белорусский фронт. В июле 1944 г. дивизия освободила г. Ковель Волынской области, за что Фёдор Васильевич получил вторую благодарность Верховного Главнокомандующего. Далее дивизия форсировала Западный Буг и наступала по территории Польши, в августе вела бои в районе Магнушевского плацдарма на берегу Вислы.
В январе 1945 г. дивизия участвовала в освобождении г. Гнезно, за что 100-му гвардейскому стрелковому полку было присвоено почётное
