1941 г. исполнял должность начальника оперативного отделения штаба 181-й стрелковой дивизии. В составе 24-го стрелкового корпуса 27-й армии участвовал в боях на псковском и холмском направлениях. В октябре был назначен командиром 227-го стрелкового полка 183-й стрелковой дивизии 29-й армии Калининского фронта и участвовал с ней в Калининской оборонительной операции. С декабря 1941 г. – начальник штаба этой дивизии. Ее части участвовали в Калининской, затем Ржевско-Вяземской наступательных операциях. В конце января 1942 г. в результате нанесенного противником контрудара дивизия попала в окружение. 19 февраля организованно, сохранив костяк личного состава и оружие, она сумела выйти к своим войскам. При прорыве погиб ее командир генерал-майор К. В. Комиссаров. После выхода дивизия была сосредоточена северо-западнее г. Старица, где до середины марта пополнялась личным составом и вооружением. В период с 3 по 18 марта 1942 г. майор П. К. Рубан временно командовал дивизией. После пополнения она заняла оборону в 12 км севернее Ржева, где находилась до конца июля. С августа подполковник П. К. Рубан – зам. командира 183-й стрелковой дивизии. В августе – сентябре участвовал с ней в Ржевско-Сычевской наступательной операции. В период с 22 августа по 1 октября 1942 г. вновь исполнял должность командира дивизии, однако с обязанностями не справился и в должности утвержден не был. С сентября 1942 г. дивизия находилась в резерве Ставки ВГК. В январе 1943 г. она вошла в 40-ю армию Воронежского фронта и участвовала с ней в Воронежско-Касторненской и Харьковской наступательных операциях. С мая 1943 г. полковник П. К. Рубан вновь в должности начальника штаба этой дивизии. 20 июля 1943 г. он был назначен старшим пом. начальника оперативного отдела штаба Воронежского фронта и в этой должности участвовал в Курской битве. В сентябре переведен начальником штаба 29-й стрелковой дивизии. Ее части вели боевые действия в составе 23-го гвардейского стрелкового корпуса 6-й гвардейской армии Воронежского фронта, с ноября – во 2-м гвардейском стрелковом корпусе 4-й ударной армии 1-го Прибалтийского фронта. Во второй половине декабря 1943 г. участвовал с дивизией в Городокской наступательной операции. В начале февраля 1944 г. П. К. Рубан назначен начальником штаба 381-й стрелковой дивизии и в этой должности воевал до конца войны. До мая дивизия находилась на 1-м Прибалтийском фронте, затем вошла в 97-й стрелковый корпус 21-й армии Ленинградского фронта. В июне она была подчинена 98-му стрелковому корпусу и в его составе участвовала в Выборгской наступательной операции. С конца сентября части дивизии в составе 2-й ударной армии вели боевые действия на 2-м Белорусском фронте. До января 1945 г. она находилась в резерве фронта, затем участвовала в Восточно-Прусской, Млавско-Эльбинской наступательных операциях. С февраля 1945 г. ее части успешно действовали в Восточно-Померанской наступательной операции, в овладении городами Эльбинг (Эльблонг), Грудзендз и Данциг (Гданьск). С 5 мая дивизия вошла в состав 19-й армии и участвовала в заключительном этапе Берлинской наступательной операции. С июня 1945 по декабрь 1947 г. полковник П. К. Рубан проходил обучение в Военной