по декабрь 1932 г. – и.д. пом. командира Омской стрелковой дивизии СибВО. Затем направлен на преподавательскую работу в Военную академию механизации и моторизации РККА, где назначен и. д. руководителя кафедры тактики. С мая 1936 г. был инспектором вузов ПриВО (на правах командира корпуса вузов). 8 февраля 1938 г. арестован органами НКВД и находился под следствием, 13 февраля уволен из кадров РККА по ст. 44, п. «в». 24 января 1940 г. освобожден Главной военной прокуратурой Красной армии «за недоказанностью обвинения», затем приказом НКО от 9 февраля 1940 г. восстановлен в кадрах РККА с зачислением в распоряжение Управления по начальствующему составу Красной армии. В апреле 1940 г. он был назначен старшим преподавателем тактики на курсах «Выстрел», с октября 1940 г. временно был и. д. начальника курса командиров рот этих курсов. В начале Великой Отечественной войны в той же должности. В июне 1942 г. комбриг М. П. Якимов был назначен в распоряжение маршала Советского Союза К. Е. Ворошилова (состоял в группе контроля за формированием стрелковых и кавалерийских соединений, подготовкой маршевого пополнения в запасных бригадах). В декабре 1942 г. он был назначен командиром 364-й стрелковой дивизии 2-й резервной армии, однако в должность не вступил (был назначен другой командир), после чего находился в распоряжении Военного совета Волховского фронта. 14 января 1943 г. генерал-майор М. П. Якимов был допущен к и.д. командира 372-й стрелковой дивизии. Однако командовал этой дивизией недолго – уже 21 января, с прибытием бывшего командира, он был перемещен на должность командира 147-й стрелковой дивизии, которая в составе 2-й ударной армии участвовала в прорыве блокады Ленинграда (операция «Искра»). В мае дивизия была выведена в резерв Ставки ВГК с подчинением вновь сформированной 27-й армии. В конце того же месяца она вместе с армией была включена в Степной военный округ. С июля ее части в составе Степного, затем Воронежского фронтов участвовали в Курской битве, Белгородско-Харьковской наступательной операции и битве за Днепр. В ходе Киевской наступательной операции М. П. Якимов был контужен на Букринском плацдарме. Затем с этой дивизией в составе 60, 38-й, 1-й гвардейской армий 1-го Украинского фронта принимал участие в Житомирско-Бердичевской, Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой наступательных операциях. За бои под ст. Чиповичи и на р. Ворскла он был награжден орденом Суворова 2-й степени (10.1.1944). 12 апреля 1944 г. в бою под г. Проскуров был ранен. В июне 1944 г. отстранен от командования дивизией и до ноября находился на лечении в госпитале в Москве и санатории «Архангельское» (по поводу расстройства нервной системы). В декабре назначен старшим инспектором Инспекции пехоты Красной армии, с марта 1945 г. состоял в распоряжении ГУК НКО. После войны генерал-майор М. П. Якимов с июля 1945 г. находился на преподавательской работе в Военной академии им. М. В. Фрунзе, и. д. старшего преподавателя и старшего тактического руководителя кафедры общей тактики. С октября 1946 г. был заместителем по учебной работе начальника курса основного факультета, старшим тактическим руководителем (с июля 1957 г. – старший