До декабря находился на лечении в госпитале и в отпуску в г. Куйбышев, после выздоровления зачислен слушателем ВАК при Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова. В феврале 1943 г. окончил эти курсы и занимал должности зам. командующего 68-й, а с мая – 34-й армий Северо-Западного фронта. С августа 1943 генерал-майор Я. Д. Чанышев командовал 96-м стрелковым корпусом 70-й армии 1-го Белорусского фронта. Участвовал в Люблин-Брестской наступательной операции. За отличие при освобождении г. Брест корпусу было присвоено наименование «Брестский » (10.8.1944). С конца октября корпус в составе армии находился в резерве 1-го, а с 19 ноября – 2-го Белорусских фронтов. С января 1945 г. его соединения и части принимали участие в Восточно-Прусской, Восточно-Померанской и Берлинской наступательных операциях, в освобождении городов Данциг и Гдыня, форсировании рек Висла и Одер, в боях за города Тухель (Тихоля), Бютов (Бытув), Гарц, Нойштрелиц, Варен. В Берлинской операции он в составе главной ударной группировки, действуя в направлении г. Нойбранденбург, успешно форсировал р. Одер и во взаимодействии с основными силами армии разгромил штеттинскую группировку противника. К исходу 3 мая его части вышли к побережью Балтийского моря в районе г. Висмар. За образцовое выполнение заданий командования при овладении городами Барт, Бад Доберан, Нойбуков, Варен, Виттенберг корпус был награжден орденом Красного Знамени. После войны генерал-лейтенант Я. Д. Чанышев продолжал командовать 96-м стрелковым корпусом в Воронежском ВО, а с февраля 1946 г. – МВО. После войны с мая 1946 г. Я. Д. Чанышев старший преподаватель Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова где и. д. старшего преподавателя, а с ноября 1952 г. – начальника основного курса. 7 января 1957 г. уволен в отставку. Похоронен на Кунцевском кладбище, Москва. Воинские звания: комдив (26.11.1935); генерал-майор (01.10.1942); генерал-лейтенант (22.02.1944). Награды Российской империи: Георгиевский крест 4-й степени. Награды СССР: 2 ордена Ленина (№ 24646 – 21.02.1945, № 36498 – 10.04.1945); орден Октябрьской Революции (№ 88484 – 26.02.1982); 4 ордена Красного Знамени (№ 227077/Р – 14.10.1924, № 140966 – 3.11.1944, № 15543 – 29.05.1945, № 1018/4 – 6.11.1947); орден Кутузова 1-й степени (№ 334 – 23.08.1944); орден Суворова 2-й степени (№ 2144 – 4.06.1944); орден Отечественной войны 1-й степени (11.03.1985); орден Красной Звезды (№ 3727996 – 28.10.1967); орден Трудового Красного Знамени Узбекской ССР (№ 177—1920); медаль «В ознаменование 100-летия со дня рождения Владимира Ильича Ленина»; медаль «За оборону Москвы»; медаль «За оборону Ленинграда»; медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.»; юбилейная медаль «Двадцать лет Победы в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.»; юбилейная медаль «Тридцать лет Победы в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.»; юбилейная медаль «Сорок лет Победы в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.»; медаль «За освобождение Варшавы»; медаль «Ветеран Вооружённых Сил СССР»; юбилейная медаль «XX лет Рабоче-Крестьянской Красной Армии»; медаль «30 лет Советской Армии и Флота» медаль «40 лет Вооружённых Сил СССР»; медаль «50 лет Вооружённых Сил СССР»; медаль «60 лет Вооружённых Сил СССР»; медаль «В память 800-летия Москвы»; медаль «В память 250-летия Ленинграда».