на этом посту А.Кудрина, ставшего заместителем министра финансов.
На IV съезде НДР 19 апреля 1997 был избран членом политсовета ВОПД НДР (из 178 человек).
21 июня 1997 3-я конференция петербургского регионального отделения НДР удовлетворила просьбу В.Путина об освобождении от должности председателя совета в связи с его назначением руководителем ГКУ, оставив его представителем петербургского отделения в общероссийском политсовете НДР. Новым председателем регионального совета НДР стал президент АО «Ленинец» Анатолий Турчак (в 1999 его сменил президент ЗАО «Петербургская топливная компания» (ПТК) Андрей Степанов, а в 2000 г. – ректор Горной академии Владимир Литвиненко).
19 сентября 1997 был включен в состав Межведомственной комиссии Совета Безопасности РФ по экономической безопасности.
25 мая 1998 был назначен первым заместителем руководителя Администрации Президента – ответственным за работу с регионами (сменив Викторию Митину). Руководителем АП – непосредственным начальником Путина – был зять Ельцина Валентин Юмашев. До начала июня 1998 года Путин оставался также начальником Контрольного управления Администрации Президента (в июне 1998 это управление по рекомендации В.Путина было поручено возглавлять Николаю Патрушеву).
15 июля 1998 возглавил Комиссию при Президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации (вместо отправленного в отставку Сергея Шахрая). С тех пор не был подписан ни один такой договор.
25 июля 1998 указом президента В.Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности России (ФСБ).
1 октября 1998 был введен в состав постоянных членов Совета Безопасности РФ, а 18 ноября 1998 указом Президента РФ включен в обновленный состав Совета Безопасности.
В качестве руководителя ФСБ произвел ряд кадровых и структурных изменений, упразднил два крупнейших управления ФСБ – экономической контрразведки (УЭК) и контрразведовательного обеспечения стратегических объектов (УКРОСО), создав вместо них 6 новых управлений. Добился регулярного финансирования ФСБ, а также (непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу) повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, уравняв их с работниками СВР и ФАПСИ.
29 марта 1999 был назначен секретарем Совета Безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ.
Остался в списке политсовета НДР, реорганизованного на VI съезде НДР 24 апреля 1999.
В конце 1998 – начале 1999 генеральный прокурор Юрий Скуратов под давлением премьер-министра Евгения Примакова санкционировал возбуждение ряда дел о коррупции, затронувших интересы ближайшего окружения президента Б.Ельцина (т. н. «Семьи»), в том числе управделами Кремля П.Бородина.
В.Путин принял активное участие в дискредитации Ю.Скуратова. Неустановленными лицами была произведена
