1560 году умерла царица Анастасия Романовна, дочь окольничьего Романа Юрьевича Захарьина. Во время ее болезни случилось у царя какое-то столкновение с советниками, которых он и прежде подозревал в нерасположении к Захарьиным и которые, со своей стороны, считали Захарьиных главной причиной упадка их влияния. Над Адашевым и Сильвестром наряжен был суд: Сильвестр был послан в Соловки, а Адашев – сначала воеводой в Феллин, а после отвезен в Дерпт, где и умер.
Заметив, что низложенная партия хлопочет о возвращении своего влияния, царь ожесточился. Начались казни. Впрочем, на первых порах Иван Грозный часто довольствовался заключением в монастырь или ссылкой. С многих взяты были поручные записи, что они не отъедут за рубеж. Предположение подобного намерения нельзя считать фантазией царя; оно бывало и в действительности. Так отъехали Вишневецкий, двое Черкасских, Заболоцкий, Шашкович и с ними много детей боярских. В 1564 году отъехал в Литву князь А.М. Курбский. Курбский был не просто боярин, он не только защищал права высшего сословия на участие в советах государя; он был потомок удельных князей и не мог забыть победы Москвы. В письме к Грозному Андрей Курбский вспоминает предка своего Федора Ростиславича, указывает на то, что князья его племени «не обыкли тела своего ясти и крови братий своих пити».
Княжата в ту пору составляли особый высший разряд в Московском государстве. В виде вотчин владели они остатками своих бывших уделов. Царь в 1562 году издает указ, которым ограничиваются права княжат на распоряжение своими вотчинами. Флетчер сообщает, что, подвергая опале княжат, Иван Васильевич отнимал у них вотчины и давал поместья в других местах, разрывая, таким образом, связь между населением и бывшими удельными князьями.
Отъезд Курбского и его резкое послание еще сильнее возбудили подозрительность царя. Он стал готовиться к нанесению решительного удара тем, кого считал своими врагами. Для этого нужно было убедиться, насколько можно было рассчитывать на бездействие народа. С этой целью 3 декабря 1564 года Иван Васильевич, взяв с собой царицу Марию Темрюковну, с которой вступил в брак в 1561 году, царевичей, многих бояр, дворян с семьями, вооруженную стражу, всю свою казну и дворцовые святыни, поехал по разным монастырям и наконец остановился в Александровской слободе.
Недоумение москвичей по поводу этого отъезда продолжалось до 3 января 1565 года, когда митрополит Афанасий получил грамоту от царя, в которой, исчисляя вины бояр, начиная с его малолетства, он обвинял их в корыстолюбии, нерадении, измене. Государь объявлял, что, не желая терпеть измены, оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет. С тем вместе получена была грамота к православному населению града Москвы, в которой государь писал, что на них он гнева не имеет. Странное сообщение поразило всех. Духовенство, бояре и горожане в недоумении приступили к митрополиту с просьбами, чтобы он умолил царя; причем горожане указывали – просить царя, чтобы он государства не оставлял, а их на расхищение волков не давал, «наипаче
