заговор Шуйского, то нет ничего удивительного в том, что царём был избран именно Василий. Новый патриарх Гермоген в целом соглашался с тем, что царь должен быть избран как можно скорее, но считал, что решение московского земского собора без мнения провинциальных делегатов будет нелегитимно. Поэтому он предлагал провести земский собор в формате интернет-конференции. Опасавшийся появления других кандидатов Василий отверг предложение прогрессивного старца. Результатом этого необдуманного поступка стала смута «по всей земле русской». Сначала в Самборе объявил себя вторично чудесно спасшимся царём Димитрием некто Михалко Молчанов, во время восстания укравший государственную печать. Затем от его имени на юго-западе России появился казачий атаман Иван Исаевич Болотников; как идейный сторонник разгрома Оттоманской Порты он всецело поддерживал Лжедмитриеву реставрацию. Тогда же на Волге объявился самочинный царевич Петруша. Вдобавок ко всему вышеперечисленному, права на московский престол предъявил польский король Сигизмунд.
Летом 1606 года главная угроза исходила от армии Болотникова. Разгромив полки Трубецкого и Лыкова, а затем и братьев Шуйских, он двинулся на Москву, по пути захватив Орёл, Болхов, Белёв, Воротынск, Калугу и Серпухов. Поддержанный венёвским воеводой Истомой Пашковым, а также рязанцами Ляпуновым и Сунбуловым, Болотников не видел препятствий для взятия Москвы. В этот критический момент Михаил Скопин-Шуйский стоял со своим полком на реке Пахра, защищая подступы к столице. Шансов удержать болотниковскую орду у него не было – к этому времени остальные воеводы либо бежали, либо были разбиты. Но князь решил стоять до конца. Дабы усилить боевой дух своих малочисленных воинов, Михаил распустил слухи, будто он неуязвим в бою. Ему удалось убедить солдат в том, что ещё в юности английский художник Бэзил Уорд написал его портрет, который чудесным образом принимает на себя все удары, наносимые Михаилу. Уверовавшие в чудо солдаты поклялись стоять насмерть. Более того, эти слухи дошли и до стана болотниковцев. Иван Исаевич, будучи человеком рассудительным и осторожным, решил не связываться со странным субъектом и, уклонившись от боя, прошёл к Москве другой дорогой.
В октябре 1606 года началась осада Москвы. Скопин-Шуйский участвовал в боях всего несколько месяцев, но имидж единственного воеводы, не спасовавшего перед врагом, вознёс его на небывалые высоты. Его почитали и как самого удачливого, и как самого стойкого, и как самого талантливого полководца в царских войсках. Нет ничего удивительного в том, что когда встал вопрос, кто возглавит контрудар у деревни Котлы, выбор пал на Михаила. Царские войска ликовали, болотниковцы пребывали в панике: Пашков, Ляпунов и Сунбулов, не дожидаясь боя, переметнулись на сторону Шуйского, остальные считали дело безнадёжно проигранным. 2 декабря Михаил Скопин-Шуйский лично возглавил атаку. С криком «Нерон и Нарцисс с нами» он врубился в неприятельские позиции и, разорвав строй казаков, обратил их в бегство. Победа была полной и безоговорочной, но война продолжалась. Более того, она разгоралась с новой силой.
