Сен-Жермен был сыном принца Ракоци Трансильванского, и что ему покровительствовал последний великий герцог Тосканский из рода Медичи, который и дал Сен-Жермену хорошее образование в Сиенском университете. Сен-Жермен также слыл внебрачным сыном португальского короля либо принцессы Пфальц-Нейбургской, вдовы последнего испанского Габсбурга Карла II. Граф Карл фон Кобленц в письме от 8 апреля 1763 года к первому министру Кауницу писал: «Мне он (Сен-Жермен) показался самым оригинальным из всех людей, которых я имел счастье знать ранее. О происхождении его я затрудняюсь говорить с уверенностью. Однако, я вполне допускаю, что он может быть отпрыском весьма известной влиятельной фамилии, по той или иной причине скрывающим свое происхождение. Обладая огромным состоянием, он довольствуется весьма малым и живет очень просто и незатейливо. Ему известны, по-видимому, все науки. И вместе с тем в нем чувствуется человек справедливый и порядочный, обладающий всеми достойными похвалы душевными качествами».
Сен-Жермен, как утверждается в Chroniques de l’Oeil de Boeuf, говорил графине де Жанлис: «Семи лет от роду я прятался в лесах, и за мою голову была назначена награда. В день моего появления на свет моя мать, которую мне так и не суждено было больше увидеть, повязала мне на руку талисман со своим портретом». Сен-Жермен, как сообщает автор, показал этот портрет собеседнице.
С 1737 по 1742 год Сен-Жермен находился в Персии при дворе Надир-шаха. Ф.В. фон Бартольд, а также Ламберг заявляли, что здесь он занимался научными исследованиями. В 1745 году, согласно письму английского писателя Хораса Уолпола (1717–1797), в Англии Сен-Жермен был арестован по подозрению в шпионаже в пользу якобитов, а затем освобожден. В газетах тех времен сообщалось о произошедшем недоразумении. Невиновность его была доказана, а после освобождения он был приглашен на обед к лорду Харрингтонскому, секретарю министерства финансов и казначею Парламента.
С 1745 по 1746 годы Сен-Жермен жил в Вене, где занимал высокое положение. Его лучшим другом был премьер-министр императора Франца I, принц Фердинанд Лобковиц. Он же познакомил его с французским маршалом Бель-Илем, посланным королем Людовиком XV с миссией к Венскому двору. Бель-Иль и пригласил Сен-Жермена посетить Париж.
Между 1750 и 1758 годами он снова не раз бывал в Вене, где занимался делами не только короля Франции, но и Карла Лотарингского. В 1757 году военным министром маршалом графом Бель-Илем был представлен великосветскому парижскому обществу. В Париже в число близких друзей Сен-Жермена входила принцесса Иоганна Елизавета Ангальт-Цербстская (мать российской императрицы Екатерины II), а также немецкий дипломат на датской службе барон Карл Глейхен и маркиз д’Урфе. Барон Глейхен «последовательно прельщался всеми великими чудотворцами» своего времени.
Датский посол во Франции граф фон Ведель-Фрис 24 декабря 1759 года писал своему министру: «Я не могу в точности сказать Вам, Милостивый государь, кто он в сущности такой. Его не знает никто или почти никто. Он провел здесь
