Заречье получило надежную защиту. Но крепостные твердыни оказались бессильны, когда Московское государство постигла Смута – глубочайший системный кризис, осложненный иноземным вмешательством. Правда, ни поставцы Ивана Болотникова в 1606 г., ни позднее Тушинский вор (Лжедмитрий II) не смогли взять столицу. Но в 1610 г. в Москве без боя водворился 8-тысячный польско-литовский гарнизон, приглашенный московскими боярами, присягнувшими королевичу Владиславу. Весной 1611 г. Заречье стало полем жестоких боев восставших москвичей, воинов Первого земского ополчения и казаков с интервентами, которые, пытаясь избежать блокады, сожгли Скородом. Именно отсюда, с юга, смог прорваться на помощь осажденным полякам отряд Сапеги. Летом 1612 г. оккупированную Москву обложило Второе ополчение К. Минина и Д. Пожарского – 10 тысяч конных дворян, стрельцов, служилых татар, вооруженных крестьян и посадских людей, а также казаки Д. Трубецкого. Одновременно с запада к столице приблизилось 12-тысячное войско шляхтичей, немецких и венгерских наемников и запорожцев гетмана литовского Яна Кароля Ходкевича с огромным обозом для снабжения Кремлевского гарнизона. 22 и 24 августа развернулись тяжелые бои. Главные события произошли в Заречье – на пепелище Скородома, в казачьих острожках рядом с храмами Георгия и Климента, близ церкви Екатерины Мученицы на Ордынке у Крымского брода и Крымского двора. Ходкевич был отбит. Это сражение, полузабытое ныне и никак не увековеченное в столице, сыграло огромную роль в судьбе России. Победа в нем предопределила скорое освобождение Москвы от интервентов и в конечном счете преодоление Смуты.
После лихолетья начала XVII в. выжженное и опустошенное Заречье возродилось, словно феникс. Новый грандиозный оборонительный пояс вокруг Москвы – Земляной город с каменными башнями Калужских и Серпуховских ворот – дал жителям посадов неведомое ранее ощущение защищенности, стабильности. Его не могли развеять ни частные пожары, ни бунты, ни страшная эпидемия чумы, ополовинившая в середине столетия население Белокаменной. В период своего расцвета вошли замоскворецкие слободы – привилегированные дворцовые Садовая, Кадашевская, Конюшенная Малых Лужников, тягловая «черная» Голутвинская. Многие храмы, прежде деревянные, оделись в камень, украсились кирпичным и белокаменным узорочьем и изразцами. В усадьбах богатых слобожан появились каменные палаты. Был сооружен огромный Кадашевский хамовный (ткацкий) двор. Заречье, ранее менявшее свой облик после каждого большого пожара, теперь строилось на века. Закреплялась его планировка. Главные улицы, начинаясь с москворецких переправ, стягивались к воротам Земляного города, формировалась сеть внутрислободских и межслободских проездов, торговых площадей. Заречье по-прежнему оставалось большим военным поселением. Здесь дислоцировалось до шести стрелецких приказов (полков), расквартированных в слободах и охранявших укрепления Земляного вала. Были здесь и слободы Казачья и Старая Панская, где жили иноземцы на службе царя.
