«Спустя годы я снова встретился в Михаилом Васильевичем, теперь уже в академии Генерального штаба, как со своим профессором по истории русского военного искусства. Он остался таким же кропотливым и усердным работником, прекрасно излагавшим свой далеко не легкий предмет. Он не был выдающимся талантом в этом отношении, но то, что нужно нам было знать, он давал в строго научной форме в сжатом образном изложении. Мы знали, что все, что он говорит, – не фантазия, а действительно так и было, потому что каждый исторический факт он изучал и проверял по массе источников».
Началась Русско-японская война. Получив первый генеральский чин, Михаил Васильевич назначается генерал-квартирмейстером 3-й Маньчжурской армии. Он принимает активное участие в планировании Мукденской операции, за что награждается орденом Св. Станислава 1-й степени. С 1906 года в течение последующих пяти лет он – оберквартирмейстер Главного управления Генерального штаба, затем начальник штаба Киевского военного округа, командир 13 армейского корпуса. Произошли изменения и в семье Михаила Васильевича: в 1906 году родилась вторая дочь – Вера, в 1908 году – сын Николай. Мировую войну генерал-лейтенант Алексеев встретил начальником штаба Юго-Западного фронта.
«Приехав в Ровно, в штаб фронта, – вспоминает его дочь Вера Михайловна Алексеева-Борель, – отец встретился со своим прежним начальником генералом от артиллерии Ивановым. Они несколько лет душа в душу работали в Киеве.
Отцу было дано право выбирать генерал-квартирмейстера. Он представил список из шести лиц. Знаю, что первым был генерал-майор Дитерихс, тот самый, который последним закончил «белую борьбу» на Востоке, который принимал участие в расследовании убийства царской семьи в Екатеринбурге и составил уже в Шанхае об этом большой труд… Последним в списке был генерал-майор М. С. Пустовойтенко. Из этих шести лиц высшее начальство назначило именно его генерал-квартирмейстером штаба Юго-Западного фронта. Человек очень скромный, он не был самостоятельным работником и мыслителем, но вдумчивым и точным исполнителем получаемых распоряжений. Для отца он оказался идеальным помощником…»
В середине 1914 года Михаил Васильевич был произведен в генералы от инфантерии, а в марте – назначен главнокомандующим армиями (командующим войсками) Северо-Западного фронта.
Шел 389-й день мировой войны. В воскресенье 23 августа 1915 года почти ровно в полдень в Могилев, где располагалась русская Ставка, въехала колонна машин. Она остановилась на центральной площади города. Из головной машины вышел человек невысокого роста, плотного сложения с небольшой светлой овальной бородой. Это был царь Николай II, с этого дня принявший пост Верховного главнокомандующего действующей армии и флота Российской империи. За ним потянулась свита во главе с министром двора почтенным, но заметно дряхлеющим графом Фредериксом и дворцовым комендантом генералом Воейковым, известным в обществе более всего своим назойливым рекламированием
