1574 году во главе земщины, с титулом великого князя всея Руси (а после – Тверского) поставлен был крещеный, под именем Симеона, касимовский царь Саип-Булат Бекбулатович. Земские бояре заведовали всеми текущими делами, но о разных вестях или великих земских делах докладывали государю. Многие, подозреваемые в измене, были казнены или сосланы в Казань.
Значение опричнины верно и метко оценено Соловьевым. По его представлению, Иоанн, заподозрив бояр, не мог прогнать их всех от себя и потому удалился от них сам, окружив себя новыми людьми, построив себе новый дворец, уйдя в Александровскую слободу. Такое удаление государя от земли имело гибельные следствия, делающие понятною общую ненависть к опричникам.
Новое обстоятельство еще усилило подозрительность Иоанна: литовский гонец привез к московским боярам грамоты от короля и гетмана. Грамоты были перехвачены, от имени бояр посланы бранчивые ответы; за эту переписку поплатился жизнью конюший Челяднин с несколькими друзьями. В послании из слободы Грозный осуждал обычай духовенства «печаловаться» за осужденных; но самое серьезное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп из рода Колычевых.
Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 году предложил ему кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился только под условием уничтожения опричнины. Царь оскорбился. Собору удалось примирить их, и Филипп дал обещание в опричнину и царский домовый обиход не вступаться. Но подозрение запало в душу Иоанна, а Филипп начал ходатайствовать за опальных и обличать царя.
Произошло несколько столкновений. Враги Филиппа, в числе которых был, между прочим, духовник царский, наконец восторжествовали: Филипп удалился в монастырь Николаевский. В крестном ходе заметил он опричника в тафье и обличил его; царь рассердился, тем более что, когда он оглянулся, тафья была снята. Тогда над Филиппом наряжен был суд, и в Соловки послана была комиссия для собирания о нем сведений.
Во главе комиссии стоял Пафнутий, архиепископ Суздальский. Лестью и обещаниями склонили игумена Паисия и старцев дать показания против Филиппа. 8 ноября 1568 года Филиппа заставили служить. Во время службы он был схвачен опричниками в церкви, на другой день торжественно лишен сана и скоро свезен в тверской Отрочь монастырь, где, во время похода Иоанна на Новгород, Филипп был задушен.
Царь Иоанн IV Васильевич Грозный у тела убитого им сына. Художник Н. С. Шустов
Вскоре после низведения святого Филиппа погиб двоюродный брат царя, Владимир Андреевич, в котором Иоанн видел, и, быть может, не без основания, опасного претендента. Не без связи с делом Владимира стоит новгородский погром.
В январе 1570 года Иоанн приехал в Новгород. По дороге он останавливался в Клину и в Твери, которые много пострадали и от казней, и от опустошения опричников. В Новгороде совершено было много казней, свергнут архиепископ, страшно грабили опричники. Ужас напал на новгородцев. Иоанн Васильевич,
