1595 года казаки Наливайко и Лободы ходили в поход на турецкую Молдавию и Венгрию, после чего против шляхты восстала и Галичина, соперничая в этом с поднявшейся Беларусью. Через год казацкие полки под Белой Церковью разнесли большое польское карательное войско. Речь Посполитая напряглась и ее регулярная армия летом 1596 года на Полтавщине разбила казаков, которые заперлись в укрепленных Лубнах. Великий коронный гетман Станислав Жолкевский осадил город и пообещал всем повстанцам амнистию. Лобода, понимая, что казакам не победить вчетверо большего врага, начал переговоры, но наливайковцы заявили, что поляки обманут. У казаков начался хаос и в результате возникшего конфликта Лобода был убит. Жолкевский воспользовался разладом и устроил вошедшую в украинскую историю Лубенскую бойню, перебив тысячи восставших. Наливайко взяли живьем и казнили в Варшаве, с этого момента, взяв в моду захваченных казацких вождей короновать раскаленной железной короной, четвертовать или заживо запекать в пустых медных быках. На предупреждения умных и честных поляков о том, что посеешь, то и пожнешь, магнаты и нобили Речи Посполитой, естественно, не реагировали. Паны стали требовать у Варшавы унять казачество, мешавшее им пить посполитую кровь, и сейм во главе с сенатом благосклонно в 1601, 1603, 1611, 1613 годах выпускали новые и новые конституции-постановления, усугублявшие казацкую проблему.
В 1600 году новым реестровым казацким гетманом был избран Самойло Кошка, четверть века проплававший пленным гребцом на турецких галерах. Он сумел опять восстановить казачество, которое отвечало на походы турок и татар, атаками Крыма и турецких берегов и сам султан в своих дворцах видел зарево пожаров, в которых горели пригороды Стамбула. Казаки воевали с турками в Молдавии, со шведами в Ливонии, где Кошка и сложил свою голову. Шляхта, увидев, что казаки в боях за Речь Посполитую понесли значительные потери, стали говорить, что надо, наконец, «крепко захватить в свои руки прекрасную Украину».
Новым казацким гетманом в 1606 году на общей раде был избран тридцатилетний православный шляхтич Петр Конашевич-Сагайдачный. Уроженец львовского Самбора учился в знаменитой Острожской Греко-славяно-латинской академии, с 1596 года участвовал в запорожских походах, воевал в Молдавии и Ливонии, атаманствовал в дальних набегах, штурмом брал турецкие портовые города Варну, Кафу, Синон, Трапезунд и всегда освобождал тысячи христианских невольников. Ликующий народ встречал своего атамана в Киеве и слава о его победах эхом раскатывалась по всей Украине, опять увидевшей и получившей символ свободы и надежную точку опоры.
Во время Московского похода королевича Владислава 1618 года казаки Сагайдачного спасли наследника от неминуемого плена. Казачий гетман сумел получить от старого Сигизмунда привилеи для реестрового войска, которое было значительно увеличено и король-отец, наконец, смог обнять своего казацким чудом спасенного сына-короленка.
После русско-польского Деулинского перемирия 1618 года
