Так как Балтийский флот решил сам «разобраться» с Минной дивизией, Петроградским Советом было решено «арестованных контрреволюционеров оставить в распоряжении следственной комиссии, организованной самими матросами. На суде Кронштадтского ревтрибунала, под председательством Л. А. Бергмана, обвинитель – главный комиссар Балтфлота И. П. Флеровский потребовал приговорить всех пятнадцать арестованных к смерти. Но его инициатива не нашла поддержки. Вчерашнему сельскому учителю тут же доходчиво объяснили, что матросы матросов просто так не убивают. 4 сентября 1918 года 12 моряков дивизии приговорили к принудительным общественным работам сроком от 3 до 15 лет с лишением гражданских и всех политических прав. Одного матроса приговорили к полугоду тюрьмы с «исключением навсегда из флота», еще одного оправдали. Четверых же скрывшихся моряков, объявили вне закона. Но уже через два месяца «суд общественной совести Кронштадта» на основании амнистии, объявленной 7 ноября 1918 года, в честь первой годовщины Октябрьского восстания, изменил сроки наказания (снизив их всем до 2 лет), а двое моряков были вообще освобождены. Спустя еще несколько месяцев были освобождены и остальные, осужденные по делу мятежа Минной дивизии. Такую снисходительность к мятежным балтийцам на фоне разгоравшейся в стране Гражданской войны, а также красного террора следует отнести за счет того, что большевики все еще нуждались в революционных матросах и путем уступок старались удерживать их на своей стороне. Прощение мятежников Минной дивизии и было как раз одной из таких незначительных уступок с их стороны, которая, однако, была весьма положительно оценена балтийцами.
О значении и последствиях мятежа Минной дивизии в мае – июне 1918 года военно-морской историк М. А. Елизаров пишет так: «…Мятеж Минной дивизии закончился сравнительно мирно и, казалось бы, был быстро забыт. Однако последствия его были значительны и для флота, и для страны. Матросы убеждались, что более левый, «революционный» путь относительно курса большевиков ведет к смыканию с правыми, к отказу от Октября, что продолжение дела Октября, творцами которого матросы себя считали, лежит не в направлении политической обособленности флота, а в поддержке существующей государственной власти, как рожденной Октябрем. Поэтому именно время после данных событий отмечено переломом в сторону создания самочинных краснофлотских большевистских коллективов. Впрочем, подобная тенденция уроков более левой линии, чем большевистская, начала набирать силу и во всем Петрограде, а затем, особенно после мятежа левых эсеров 6 июля, и во всей стране. Однако рождение подобной тенденции в условиях совокупности причин, вызвавших его, привело к убийству Володарского и Щастного, приводило к ожесточению «классового подхода». «Классово чуждые» лица становились в целях компромисса матросов и вообще народных низов с большевистской властью некими «козлами отпущения», на которых перекладывалась вся вина за тяжелую обстановку в стране. В результате убийства Володарского и Щастного, которые
