Клеберу уже не надо было форсировать Рейн, поскольку его войска и так стояли в Дюссельдорфе. В остальном же ему предстояло действовать по ранее отработанной схеме: идти на юг, очищая правобережье Рейна от неприятеля, чтобы дать возможность переправиться через реку главным силам Журдана. Наступление началось 1 июня 1796 г. Клебер во главе двух подчиненных ему дивизий успешно выдвинулся на юг и 4 июня в сражении у Альтенкирхена нанес поражение австрийской армии Нижнего Рейна, вынудив ее отступить с большими потерями. Это позволило беспрепятственно форсировать реку и остальным частям Самбро-Маасской армии.
Однако после нескольких дней успешного наступления французов вглубь вражеской территории ситуация резко переменилась. Командовавший австрийской армией Верхнего Рейна эрцгерцог Карл воспользовался тем, что Рейнско-Мозельская армия генерала Ж. В. Моро задержалась с наступлением, бросил все свои силы против Журдана. Обладая полуторным численным преимуществом, Карл 15 июня нанес ему поражение у Вецлара и отбросил основные силы Самбро-Маасской армии на левый берег Рейна.
Клебер остался на правом берегу один против многократно превосходивших его сил неприятеля. Он ускоренным маршем повел свои части обратно к Дюссельдорфу, но 19 июня был атакован австрийцами у Кирхгайма. Французы успешно отбили атаку неприятеля, попытались контратаковать, но, натолкнувшись на упорное сопротивление, не стали ввязываться в продолжительный бой и отошли со значительными потерями. В дальнейшем обе стороны приписали победу себе: французы – потому что отразили первоначальную вражескую атаку, австрийцы – потому что в итоге поле боя осталось за ними.
Как бы то ни было, после трех недель кампании Самбро-Маасская армия вновь очутилась на исходных позициях. И только когда двинувшаяся, наконец, на восток Рейнско-Мозельская армия оттянула на себя войска эрцгерцога Карла, Журдан вновь смог форсировать Рейн. На левом крыле его армии дивизии Клебера выступили 28 июня 1796 г. из Дюссельдорфа и уже 16 июля заняли Франкфурт-на-Майне.
31 июля Журдан из-за болезни опять временно передал свои полномочия Клеберу. Под командованием последнего Самбро-Маасская армия 4 августа заняла стратегически важный город Бамберг, а 7 августа нанесла поражение австрийцам при Форххайме. После этих побед Клебер вернул выздоровевшему Журдану бразды правления и, считая, что положение армии вполне устойчиво, сам взял краткий отпуск для поправки здоровья.
После возвращения он, однако, обнаружил, что в его отсутствие ситуация радикально изменилась в худшую сторону. Воспользовавшись нежеланием Моро и Журдана координировать свои действия, эрцгерцог Карл сосредоточил против Самбро-Маасской армии основные австрийские силы, значительно превосходившие ее по численности. Узнав об этом, Журдан начал отступать. Клебер, возмущенный тем, что армия столь легко уступает противнику стратегическую инициативу, подверг решения главнокомандующего острой критике. Отношения между прежними
