Монастырь постепенно угасал как религиозный центр. В середине 1920-х гг. закрыли Никольский собор, а в 1935 г. – Покровский собор. В монастыре разместили агрономический факультет Института красной профессуры и строительное училище. После Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в Покровском соборе разместили маленький завод «Химбыт». Также в бывшем монастыре открыли школу механизаторов, позже преобразованную в сельскохозяйственный техникум.
Архитектурный комплекс Хотьковского монастыря в советский период утратил в значительной мере свою историко-культурную и художественную значимость. Многие художественные ценности, украшения икон, утварь из серебра и золота, а также драгоценные камни, иные ценности монастыря были конфискованы, судьба их неизвестна. Монастырские здания были перестроены или разрушены, снесли даже архитектурно-художественную доминанту монастыря – колокольню. В 1930-е гг. мрамор от соборов Хотьковского монастыря использовали при отделке станции Московского метрополитена «Комсомольская». Серебряную и золотую церковную утварь конфисковали, менее ценную утварь сбросили в находившиеся на территории монастыря глубокие колодцы, которые затем засыпали и закрыли бетонными плитами. Разрушение и разграбление монастыря продолжалось до конца 1980-х гг. В 1987 г. местные юноши и девушки начали очищать закрытые монастырские соборы от хлама. В 1989 г. в восстановленном Покровском соборе состоялся первый молебен. В 1990 г. Хотьковский монастырь передали Русской Православной Церкви. Хотьковский монастырь был возрожден летом 1992 г.
В 1990-е гг. недалеко от Хотькова монастырю выделили 30 га лугов, теперь у него есть условия для развития молочного хозяйства. Число насельниц монастыря год от года увеличивается, в 2000 г. их было 60 чел., теперь – заметно больше. Сейчас в нем живут в основном молодые женщины в возрасте от 20 до 35 лет, есть среди послушниц девочки 10–14 лет. В наши дни Хотьковский монастырь содержит детский приют, где живут и учатся сироты – мальчики и девочки до 8 лет. Монастырь шествует над детским отделением психиатрической больницы, помогает пациентам детского и подросткового отделения другой больницы, в дом престарелых поставляют творог и молоко. При монастыре работает воскресная школа, которую посещают дети в возрасте от 4 до 14 лет, они изучают Закон Божий, историю, географию, пение, рисование, рукоделие. При монастыре создана и работает иконописная мастерская.
На территории Хотьковского монастыря был организован музей. В нем особый интерес представляет коллекция шкатулок, расписная посуда, деревянные игрушки, красиво расписанные пасхальные яйца. Росписи всех этих красивых вещей делают монахини и послушницы монастыря. Многие из них хотят учиться в иконописной мастерской Троице-Сергиевой Лавры, но конкурс на поступление туда очень большой. Вот почему они пришли на послушание в Хотьковский монастырь и 3 раза в неделю ездят учится в Троице-Сергиеву Лавру. Будущие иконописцы пока рисуют, вырезают по дереву,
