1654 году, после завершения кампании против роялистских мятежников в Шотландии, Монк остался там губернатором по повелению Кромвеля, которого назначили лордом-протектором Великобритании. После смерти Кромвеля Монк сначала поддержал его сына и преемника Ричарда, но не помешал его поражению. Когда генерал-майор Джон Ламберт в октябре 1659 года силой разогнал парламент, Монк отказался признать новый военный режим и вел армию из Шотландии против Ламберта в январе 1660 года, за что получил благодарность восстановленного парламента. После роспуска парламента в марте 1660 года новый парламент сразу призвал короля Карла II вернуться в Англию. Бредская декларация Карла, говорившая об амнистии, свободе совести и других мерах, была издана по предложению Монка.
За вклад в мирную реставрацию Стюартов Монка удостоили титула герцога Альбемарлема, звания кавалера ордена Подвязки, пожаловали большую ежегодную пенсию. Он стал также шталмейстером, лордом-лейтенантом Ирландии и капитан-генералом.
Вскоре вспыхнула 2-я англо-голландская война, 1665–1667 годов. Причиной войны была торговая конкуренция. Английская эскадра овладела голландскими станциями на западном берегу Африки и Новым Амстердамом (Нью-Йорком) в Америке. Адмиралу довелось командовать флотом в двух крупных сражениях 1666 года: 4-дневном сражении в Дуврском канале 11–14 июня 1666 года и у Нортфорланда 4 августа.
В июне 1666 года Монк был главнокомандующим английским флотом. Утром 11 июня 1666 года Монк обнаружил с подветренной стороны голландский флот, стоявший на якоре в проливе Па-де-Кале между Дюнкерком и Даунсом. Несмотря на численное превосходство противника, он решил атаковать в надежде, что наветренное положение позволит при необходимости выйти из боя. Арьергард Монка отстал, но он с 35 кораблями миновал неприятельский авангард и центр и обрушился на арьергард голландцев. Тромп немедленно обрубил якорные канаты и выстроил линию параллельно английской; центр и авангард последовали его примеру, но были слишком далеко, чтобы вступить в сражение. Сражающиеся корабли двигались к берегам Франции. Ветер так кренил английские суда, что орудия нижних деков не могли стрелять. Тем не менее английский главнокомандующий до позднего времени вел сражение; потеряв два корабля против одного голландского, он все же удержал свои позиции и сохранил боеспособность.
Следующим утром Монк, пользуясь большей скоростью, занял наветренное положение. Он располагал 44 кораблями против 80 неприятельских. Но Тромп оказался в опасности, ибо его корабли был отрезаны английской линией от главных сил. Монк не решился сражаться с малыми силами Тромпа, ибо не мог рисковать и уступить ветер противнику. Он не воспользовался даже тем, что вследствие неверных маневров младших флагманов голландские корабли сгрудились и их можно было окружить, ибо сохранявшие боевой порядок английские корабли имели значительные повреждения рангоута и такелажа, что ухудшало их маневренность.
13 июня Монк продолжал отступать. 90-пушечный корабль «Ройял Принс» сел на мель и был взят голландцами;
