своего времени это было крупное судно длиной 140—160 футов и водоизмещением около 2000 тонн, осадкой 18—22 фута. При таких размерах он мог перевозить до тысячи человек и ценный груз. Естественно, что его гибель вызвала негативную реакцию испанских властей, началось расследование.
Оказалось, что плавание началось неудачно с самого начала. После отплытия с Филиппин на борту начался мятеж, поскольку манильский губернатор Коркуэра назначил капитаном своего молодого двадцатидвухлетнего племянника дона Хуана Франциско, мало понимавшего в навигации и чрезмерно заносчивого. Учитывая сложность маршрута, которым предстояло пройти галеону, было вполне очевидно, что это вызовет недовольство. Однако жадность губернатора была сильнее подобных опасений. После выхода в открытое море офицеры, находившиеся в подчинении у Франциско, отказались выполнять его приказы. Пока на судне царило замешательство, начался шторм, который сломал мачты и свалил их за борт, разорвав такелаж и лишив корабль возможности управления. Результатом стало крушение на рифах Сайпана.
Получив пробоину, «Нуэстра Сеньора» некоторое время оставалась на рифе, разбиваемая волнами прибоя. Этого времени хватило для того, чтобы часть пассажиров и команды выбралась на берег. Однако тех, кому посчастливилось выбраться из моря, уже ждали на берегу островитяне. Они расправились с беззащитными моряками. Лишь несколько десятков человек смогли выжить и рассказать о крушении.
Через несколько дней галеон разломился. Нос остался на рифе, а корма и центральная часть судна, рассеивая по дну свой груз и балластные камни, затонули на большой глубине.
Ещё до гибели галеона, в 1636 году в Манилу прибыл таможенный агент Кирога с целью проведения следствия о законности перевозок по манильской трассе. Выяснив, что практически на все манильские галеоны власти, в обход королевских указов, грузят свои личные грузы, не указывая их в грузовом манифесте, он доложил об этом в торговую палату Севильи. Но манильские коммерсанты в ответ вообще перестали предоставлять сведения о своих грузах, мотивируя это преследованиями со стороны таможенных агентов. Именно поэтому «Консепсьон» был отправлен в плавание без каких-либо конкретных судовых документов. Учитывая размеры судна, можно предположить, что груз, перевозившийся им в 1638 году, был невероятно богат. Учитывая контрабанду на борту, за которой и поставил приглядывать своего племянника губернатор, стоимость перевозимых ценностей была просто колоссальна.
Результатом расследования стало выдвинутое против Коркуэры в 1644 году обвинение по 59 пунктам. Именно он был признан главным виновником морской катастрофы.
Только в 1684 году испанцы снарядили спасательную экспедицию к месту гибели «Нуэстра Сеньора де ла Консепсьон». Им удалось поднять со дна 35 из 36 пушек и 7 из 8 якорей. Однако остальной груз разбросало по рифам на достаточно большой глубине, и поднять его не смогли, не обладая соответствующим оборудованием. После этого в течение нескольких столетий интерес к галеону не проявлялся.
