Согласно отчёту прокурора Эквадора за 1656 год, «Капитана» затонула окончательно «в четырёх с половиной морских саженях от маленькой бухты в форме лошадиной подковы», неподалёку от мыса Санта Елена.
Однако история поднятых ценностей на этом не закончилась. Судьба сыграла злую шутку с сокровищами «Капитаны». Спасённые ценности были перевезены на Кубу, где были загружены на борт другого галеона – «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», который затонул 4 января 1656 года и также стал объектом спасательной операции.
Спасательное судно, посланное к «Нуэстра Сеньора де ла Маравильяс», чтобы перевезти сокровища обратно на Кубу, также затонуло.
Оставшиеся на борту «Иисус Мария де ла Лимпия Консепсьон» ценности стали настоящей Меккой для подводных кладоискателей в наши дни. Попытки обнаружить место крушения безуспешно предпринимались в 1972—1973 и 1986—1992 годах, но только в 1996 году Герман Моро и его команда смогли локализовать местонахождение «Ла Капитаны». Со дна были извлечены различные артефакты, относящиеся к периоду 1648—1654 годов, включая редчайшую золотую монету, отчеканенную в 1652 году в Севилье, единственную в своём роде, а потому бесценную.
В настоящее время на судне периодически проводятся подводные изыскания.
«Маравильяс»
Ночью 4 января 1656 года 22 испанских корабля проходили опасные мели Флоридского пролива. Все эти корабли входили в состав Флота Материка под командованием маркиза Монтеалегре. Внезапно, тишину моря нарушил пушечный выстрел – это был условный сигнал об опасности. Альмиранта флота «Нуэстра Сеньора де лас Маравильяс», замыкавшая строй флота, оказалась на рифах.
Выяснилось, что в темноте кормчий не заметил опасных мелей и рифов и вывел прекрасный галеон прямо навстречу опасности. Получив сильнейший удар в днище, судно раскололось. Две половины начали медленно тонуть, дрейфуя по воле течения и рассыпая по дну свой драгоценный груз золота и серебра, пока обе не скрылись под водой.
Вскоре испанцы организовали спасательную экспедицию на место гибели. Им удалось поднять со дна несколько тонн серебра и 40 фунтов золота – всё, что они смогли найти на носовой части галеона, затонувшей на относительном мелководье. Основная же часть, оставшаяся на корме, пропала, как казалось, навсегда.
Сокровища «Маравильяс» числились пропавшими в течение почти трёх веков. Периодически рыбаки вылавливали несколько серебряных монет, покрытых кораллами. Однако все попытки найти сокровища неизменно заканчивались неудачей, поскольку пески засыпали остатки галеона, надёжно храня его от непрошеных гостей.
В 1960-е годы история «Маравильяс» заинтересовала молодого подводного исследователя Роберта Маркса. Проведя расследование в морском архиве в Севилье, он сумел найти документы, открывшие ему приблизительный район гибели галеона. К тому времени у него уже имелся богатый опыт подводных археологических работ практически на всех морях и океанах
