Наркоминдела и ряда правительственных комиссий, преподавал в 1-м МГУ, вел исследования в Институте истории РАНИОН.
В гораздо меньшей степени в 20-е годы подвергались коррективам методологические позиции историка. Изучение его историко-географических исследований этих лет показывает, чти они в целом создавались на базе позитивистской методологии истории, хотя уже заметны попытки эволюции от установок государственной школы к экономическому материализму. Они отразились в понимании экономического фактора в истории как фактора ведущего в более широком, чем до 1917 г., понимании национального вопроса, большом внимании к вопросам вольнонародной колонизации и усилении критической струи в оценке колониальной политики царского правительства.
Тематика и содержание последних, неопубликованных работ М. К. Любавского, созданных в 30-е годы, позволяет говорить о том, что им был сделан новый, существенный шаг навстречу требованиям жизни. Историк не только старался освоить новую для него область экономической истории, но нередко с новых позиций, близких современной ему марксистской историографии, показать смысл, историческую роль явлений (например, башкирских восстаний XVII-XVIII вв.). Но наличие в этих исследованиях позитивистских методологических установок, безусловно, свидетельствует о том, что в своей методологической «перестройке» М. К. Любавский стоял только в начале пути.
Эклектичные в своей методологической основе, эти труды М. К. Любавского сильны своими конкретно-историческими и частными выводами, насыщенностью источниковым материалом и высокой культурой их источниковедческого анализа. Источниковедческое мастерство ученого, умелое применение сравнительно-исторического и ретроспективного методов позволяли достигать значительных успехов в решении и постановке ряда важных проблем истории феодальной России.
Несомненно, значительным явлением русской историографии начала XX в. можно признать курс лекций М. К. Любавского по исторической географии России. Автор курса попытался впервые в отечественной исторической науке создать сводный очерк исторической географии страны с точки зрения колонизации, реализовать схему одного из своих учителей В. О. Ключевского на конкретно-историческом материале. Отличный знаток первоисточников и тонкий их истолкователь, историк сделал здесь ряд важных для анализа политической истории Руси XI–XV вв. наблюдений (роль географического фактора в политической раздробленности X–XII вв., «демографическая» трактовка причин возвышения Москвы, татарские нашествия и география населения Руси в XIII–XVI вв. и др.), первый в русской историографии предпринял попытку изучения исторической географии России позднефеодального периода (XVIII–XIX вв.). Понимание ученым задач этой науки, сформулированное в курсе, дает возможность пересмотреть утвердившуюся в ряде работ советских историков точку зрения о том, что дореволюционное поколение исследователей, занимавшееся
