Архиерейского Собора он созывает на следующий день, 12 октября, внеочередной Собор исключительно для рассмотрения украинского вопроса.
Архиепископ Афинский Иероним открыл заседание Собора, представив доклад «Автокефалия Церкви Украины», в котором на основании выводов двух упоминавшихся выше синодальных комиссий, а также поданной в Генеральный секретариат Синода записки «Вопрос о канонической юрисдикции Киевской митрополии» выступил с предложением о признании Элладской Церковью «автокефалии Православной Церкви независимой Украинской Республики». За выступлением архиепископа последовала дискуссия. Митрополит Серафим активно выступал против признания раскольнической структуры и представил вниманию членов Собора многостраничный доклад, опубликованный за месяц до этого. Из сообщений участников Собора и публикаций в греческой прессе известно, что около трети присутствовавших на заседании иерархов взяли слово, чтобы заявить о своей позиции. При этом две трети выступавших высказывались за признание раскольников, а остальные – против. Однако по итогам дискуссии голосования по вопросу признания или непризнания так называемой Православной церкви Украины так и не было. А по завершении заседания от имени Комиссии по прессе Архиерейского Собора было опубликовано коммюнике, в заключительной части которого говорилось: «Последовал конструктивный диалог, многие преосвященные иерархи высказали свою позицию, и Архиерейский Собор постановил согласиться с решением ушедшего состава Постоянного Священного Синода и предложением Блаженнейшего Архиепископа Афинского и всей Эллады Иеронима, то есть признать “за Вселенским Патриархатом каноническое право предоставлять автокефалию, а за Предстоятелем Элладской Церкви привилегию далее заниматься вопросом признания Церкви Украины”. При этом семь митрополитов попросили отложить принятие решения».
Впоследствии некоторые участники Собора отмечали, что и коммюнике не выносилось на голосование. Это важное обстоятельство, а также тот факт, что использованная в тексте документа формулировка хотя и открывает возможности для признания украинского раскола в будущем, но еще не является самим признанием, стали основанием для принятия ответных мер Русской Православной Церковью. 17 октября Священный Синод принял решение прекратить молитвенное и евхаристическое общение не со всеми архиереями Элладской Церкви, но лишь с теми, «которые вступили или вступят в таковое общение с представителями украинских неканонических раскольнических сообществ».
По завершении внеочередного Архиерейского собора в некоторых СМИ появились публикации, в которых утверждалось, что митрополит Серафим не выступал против признания раскольников и вообще досрочно покинул заседание. В специальном заявлении («Митрополит Пирейский отвечает на замалчивание и искажение его позиции на Архиерейском соборе Элладской Церкви (12.10.2019)») владыка опроверг
