Messer tötet, nachdem er ihm zuvor noch eine recht abenteuerliche Geschichte über die Herkunft seiner Narben erzählt hat. Danach nimmt er Gambols Männer in seinen Dienst.
Währenddessen reist Bruce Wayne alias Batman mit seinem Verbündeten Lucius Fox nach Hongkong und kann dort mithilfe von neuester Ausrüstung Lau in seine Gewalt bringen. Er fliegt mit Lau zurück nach Gotham City und liefert ihn dort an die Polizei aus, wodurch das Vermögen der Mafia erneut in Gefahr gerät. Daraufhin kontaktieren die Mafiabosse der Stadt in ihrer Verzweiflung den Joker und nehmen sein Angebot, Batman auszuschalten, letztendlich an.
Der Joker verkündet den Bewohnern von Gotham mithilfe eines Videos, das im Fernsehen gezeigt wird, jeden Tag Menschen zu töten, bis Batman sich der Polizei stellt und sich öffentlich demaskiert. Trotz Gordons Vorsichtsmaßnahmen gibt es noch am selben Abend die ersten Todesopfer: Der amtierende Polizeicommissioner Loeb wird durch Whisky vergiftet und Richterin Surrillo, die den Anti-Mafia-Verfahren vorsitzt, wird zur gleichen Zeit mit ihrem Auto in die Luft gejagt. Währenddessen stürmt der Joker mit seiner Bande bewaffnet Bruce Waynes große Spendengala, die Wayne zur Unterstützung Harvey Dents veranstaltet hat, und ist dort auf der Suche nach dem Staatsanwalt. Doch Wayne konnte Dent noch rechtzeitig verstecken und sich von der Veranstaltung entfernen. Als Batman greift er nun in das Geschehen ein und kann gerade noch Dawes retten, als der Joker sie bedroht und aus dem Fenster wirft.
Als nächstes Todesopfer kündigt der Joker nun den Bürgermeister von Gotham City an. Diesen Anschlag versucht er während eines großen Trauerzuges für den getöteten Commissioner Loeb auszuführen. Lieutenant Gordon kann die Gefahr in letzter Sekunde erkennen und wirft sich vor den Bürgermeister, als der verkleidete Joker auf ihn schießt. Gordon stirbt scheinbar dabei. Der Joker kann in der aufgebrachten Menge derweil untertauchen und entkommen. Um den Joker endlich gefangen nehmen zu können, gibt Harvey Dent während einer Pressekonferenz am nächsten Tag an, selbst Batman zu sein, und lässt sich verhaften. Der Gefangenentransport mit Dent wird vom Joker in eine Falle gelockt. Es kommt zu einer Verfolgungsjagd durch die Straßen von Gotham. Als der Joker den Transporter, in dem Dent sitzt, mit einer Panzerfaust bedroht, springt Batman mit seinem Batmobil, dem Tumbler, dazwischen und rettet ihn. Aus den Resten des zerstörten Mobils erstellt sich Batman in Sekundenschnelle den Batpod, eine Art Motorrad. Mit seinem neuen Gefährt kann er schließlich den Laster des Jokers außer Gefecht setzen und seinen Feind stellen. Lieutenant Gordon, der seinen Tod nur vorgetäuscht hat, erscheint zuletzt auf der Bildfläche und kann den Joker festnehmen.
Gordon wird für seine Leistung zum neuen Commissioner ernannt. Jedoch muss die Polizei feststellen, dass die Staatsanwälte Harvey Dent und Rachel Dawes kurz nach der Gefangennahme des Jokers spurlos verschwunden sind. Bei seinem Verhör offenbart der Joker, dass Dawes und Dent von Mitgliedern seiner Bande an verschiedenen Orten gefangengehalten werden und nur einer der beiden von Batman gerettet werden kann. Er gibt Batman die zwei Adressen, vertauscht dabei aber bewusst die Namen, weshalb Batman ungewollt Dent rettet und Dawes, für die jede Hilfe zu spät kommt, stirbt. Dent, der während seiner Gefangenschaft zur Hälfte in Benzin lag, fängt bei der Flucht vor der Explosion Feuer, wodurch seine linke Gesichtshälfte schwer verbrannt und entstellt wird. Währenddessen kann der Joker durch die gezielte Provokation eines Polizeibeamten aus seiner Zelle entkommen. Er zündet eine Handybombe, die er einem seiner Männer im Körper implantiert hatte, und kann dadurch aus dem Polizeihauptquartier fliehen.
Coleman Reese, ein junger externer Buchprüfer, der bei Wayne Enterprises Zugang zu diversen Akten hat und zuvor Bruce Waynes geheime Identität herausgefunden hat, entscheidet sich nun, dieses Geheimnis offiziell im Fernsehen preiszugeben, in der Hoffnung, dem Terror des Jokers so ein Ende zu setzen. Der Joker jedoch hat andere Pläne, und durch einen Anruf bei der besagten Fernsehshow fordert er die Einwohner Gothams auf, den „Spielverderber“ Reese innerhalb einer Stunde zu töten. Falls dies nicht geschehe, würde er ein Krankenhaus in Gotham in die Luft sprengen. Die Bevölkerung gerät in Panik, und tatsächlich gibt es mehrere Versuche Reese zu töten, die jedoch von Gordon und von Bruce Wayne vereitelt werden können. Währenddessen sucht der Joker im Gotham-General-Krankenhaus den durch Dawes’ Tod innerlich völlig zerbrochenen Dent auf. Er befreit den entstellten Staatsanwalt und schürt in ihm den Hass auf das bestechliche System der Stadt. Zudem überzeugt er Dent mit seinen irren Theorien über Anarchie und das „faire Chaos“, welche den ehemaligen Staatsanwalt nun endgültig wahnsinnig und zum Verbrecher Two-Face werden lassen. Danach jagt der Joker das Krankenhaus wie angekündigt in die Luft und flieht mit einem Bus voller Geiseln.
Durch erneute Drohungen über das Fernsehen verleitet der Joker die verängstigte Bevölkerung zu einer Massenflucht aus der Stadt. Zwei Fähren, eine mit Häftlingen und die andere mit Zivilisten an Bord, stattet er mit Unmengen Sprengstoff aus und gibt den Passagieren die Fernzünder zur jeweils anderen Fähre. Der Joker stellt den Passagieren das Ultimatum, die andere Fähre innerhalb von einer halben Stunde in die Luft zu sprengen, um damit die eigene Fähre zu retten. Sollten die Passagiere sich weigern, würde er selbst wiederum beide Schiffe sprengen. Die Insassen beider Fähren weigern sich jedoch, den Zünder auszulösen. Ein Häftling nimmt dem verantwortlichen Leiter des Gefangenentransports den Fernzünder aus der Hand und wirft ihn durch ein Fenster ins Wasser. Auf der anderen Fähre nimmt ein Mann den Zünder zwar zunächst entschlossen in die Hand, legt ihn aber dann doch wieder in die Schachtel zurück.
Batman kann in der Zwischenzeit den Aufenthaltsort des Jokers mittels eines von Wayne Enterprises erfundenen Systems zur Überwachung von Mobiltelefonen ausfindig machen. Er begibt sich sofort zum Zielort, einem noch im Bau befindlichen Hochhaus, um den Joker zu stellen. Nach einer wilden Doppelkonfrontation mit den getarnten Männern des Jokers und den SWAT-Einheiten der Polizei, die ein Täuschungsmanöver des Jokers zunächst nicht durchschauen und dadurch die im Gebäude anwesenden Geiseln zu erschießen drohen, findet Batman den Joker in einem der oberen Stockwerke. Es kommt zum Zweikampf zwischen den beiden, bei dem der Joker Batman durch ein Fenster auf ein außen angebrachtes Baugerüst stößt. Dort nagelt er den dunklen Ritter fest und will anschließend beide Fähren in die Luft jagen. Batman kann dies im letzten Moment vereiteln und den Joker über das Gerüst in die Tiefe schleudern. Er bringt es jedoch nicht über sich, seinen Feind sterben zu lassen, und rettet ihn mit seinem Enterhaken. Der kopfüber gefesselte Joker offenbart Batman nun, was er zuvor mit Harvey Dent angestellt hat, und prahlt damit, dass er sein eigentliches Ziel, Gotham seines besten Gesetzeshüters, Harvey Dent, zu berauben, erreicht habe. Batman überlässt den Joker den anrückenden Polizisten und macht sich sofort auf die Suche nach Dent.
Dieser befindet sich derweil auf einem persönlichen Rachefeldzug gegen die Leute, die er für Dawes’ Tod verantwortlich sieht und lässt per Münzwurf den Zufall über Leben und Tod entscheiden. In seiner Rachsucht erschießt er mehrere der korrupten Polizisten und versucht auch Mafiaboss Salvatore Maroni zu töten, in dem er den ursprünglichen Drahtzieher all der Katastrophen sieht.
Als nächstes entführt er Gordons Familie, weil er sich an Gordon in seinem Wahn ebenfalls rächen will. Er informiert den Commissioner per Anruf, dass er seine Familie als Geisel habe und lockt ihn in dasselbe zerstörte Lagerhaus, in dem Rachel zuvor ihr Leben verlor. Dort überwältigt er Gordon und wirft ihm in seinem schizophrenen Wahn vor, ebenfalls zu den Korrupten zu gehören. Aus Rache für Rachel Dawes’ Tod will er nun den einen Menschen töten, den Gordon am meisten liebt. Als Dent sich Gordons Sohn schnappt und den Jungen umbringen will, erscheint Batman auf der Bildfläche und überzeugt den ehemaligen Staatsanwalt davon, sich nur an den drei „wahren Schuldigen“ zu rächen: Nämlich Batman, Gordon und Dent selbst. Dent lenkt ein und wirft zweimal die Münze. Er schießt Batman nieder und verschont sich selbst. Als er zum dritten Münzwurf über das Schicksal von Gordons Sohn ansetzt, wirft sich Batman, durch seinen Anzug unverletzt, dazwischen, stößt Dent von der Kante des Lagerhauses und rettet dem Jungen so das Leben. Dent stirbt bei dem Sturz.
Um den Menschen nicht den Glauben an Harvey Dent als Retter mit Gesicht zu nehmen, übernimmt Batman die Schuld für Dents Morde und wird fortan polizeilich gesucht.
