линейный корабль «Royal Sovereign» в Плимуте, 24 сентября 1791 г. переведён на 64-пушечный фрегат «Dictator» капитана Уильяма Блая, а в октябре того же года на 32-пушечный бриг «Winchelsea», на борту которого служил в Ла-Манше до февраля 1792 г., когда был определён на половинное жалование.
В августе 1792 г. возвратился к активной службе с назначением на 38-пушечный фрегат «Minerva» и под командой коммодора Уильяма Корнуоллиса служил в Ост-Индии. 13 октября 1792 г. – лейтенант, 17 октября 1792 г. – командир 10-пушечного шлюпа «Swan». В 1793 г. вернулся в Англию, где 23 декабря того же года возглавил военный катер «Lion». Служил в Ла-Манше под командой контр-адмирала Джона Макбрайда, 20 мая 1794 г. – командир люггера «Valiant». 24 ноября 1795 г. произведён в коммодоры с назначением на морскую станцию Вест-Индии. В 1797 г. – командир 98-пушечного линейного корабля «Princess Royal», флагмана адмирала Джона Орда. 12 июля 1797 г. – командир 28-пушечного фрегата «Nemesis» в составе эскадры вице-адмирала Джозефа Пейтона в Даунсе, активно действовал против французских каперов, 12 января 1800 г. захватил 14-пушечный приватор «Renard», 7 июля 1800 г. участвовал в атаке брандеров на французские фрегаты на рейде Дюнкерка, а затем осуществлял блокаду голландских и французских верфей. 25 июля 1800 г. настиг движущийся из Остенде конвой из шести торговых судов, сопровождаемых датским фрегатом «Freja», потребовал осмотреть суда, но датский капитан Крабб отказался подчиниться и открыл огонь по англичанам, после чего Бейер приказал атаковать «Freja», захватил его после 25-минутного упорного боя и сопроводил в Даунс в распоряжение вице-адмирала Латвиджа (этот инцидент вынудил российского императора Павла I-го наложить эмбарго на английские товары и привёл к созданию Лиги вооружённого нейтралитета в составе России, Дании и Швеции). 26 мая 1801 г. – командир 36-пушечного фрегата «Phoebe». Служил на морской станции Ирландии до 27 мая 1802 г., когда был определён на половинное жалование.
После возобновления военных действий возглавил 28 апреля 1803 г. 36-пушечный фрегат «Phoenix» в составе Флота Канала. 10 августа 1805 г. столкнулся у мыса Финистерре с 40-пушечным французским фрегатом «Didon» под командой капитана Милюса – последний нёс приказ эскадре (5 линейных кораблей) контр-адмирала Аллемана присоединиться к франко-испанскому флоту адмирала Вильнёва. После ожесточённого боя, длящегося несколько часов, французский фрегат спустил флаг: англичане потеряли 12 моряков убитыми и 28 ранеными (коммодор Бейкер лишился шляпы, сбитой пулей с его головы), потери французов составили 27 убитых и 44 раненых. Доставил приз на Гибралтар.
Там 14 августа 1805 г. получил под команду 74-пушечный линейный корабль «Dragon», на следующий день корабли «Dragon», «Didon» и «Phoenix» были замечены адмиралом Вильнёвым, направляющимся в Брест – французы приняли их за авангард Флота Канала и поспешили удалиться на юг, избегая сражения, вследствие чего вторжение в Англию не состоялось.
3 сентября 1805 г. Бейкер прибыл в Плимут, после чего был направлен в Бискайский залив, 2 ноября 1805 г. обнаружил у мыса Финистерре отряд контр-адмирала Дюмануара Ле Пеллей из четырёх линейных кораблей («Formidable», «Duguay-Trouin», «Mont-Blanc» и «Scipion»),
