В частности, им был отменен налог на производство спиртных напитков («налог на виски») 1794 г., который вызвал серьезные волнения в разных штатах. Более того, он собирался отменить и другие налоги, заявляя, что правительство может содержать себя только за счет таможенных пошлин. Вначале эти его инициативы привели к экономическим успехам на базе свободного предпринимательства. Действительно, пошлины на экспорт и импорт создавали возможность содержать «малое правительство», за которое ратовал Джефферсон.
Однако войны в Европе (получившие название Наполеоновских войн) привели к тому, что торговля США с основными странами старого мира почти прекратилась. В результате возник кризис: все три ветви власти оказались без средств. Не было даже денег на выплату жалованья высшим государственным служащим. В результате пришлось срочно восстанавливать налоговую систему. Это был еще один урок государственной мудрости, который пришлось выучить президенту Джефферсону.
На протяжении первого и особенно второго президентства Джефферсона (он был переизбран в 1804 г.) проводилось постепенное сокращение численности регулярной армии и ВМФ (корабли либо ставились на прикол, либо переоборудовались в торговые). При этом правительство исходило из все той же задачи максимальной экономии государственных средств. Джефферсон утверждал, что в случае вовлечения США в войну можно будет привлечь в армию добровольцев и на их базе быстро создать большую боеспособную армию. Он ссылался на опыт Войны за независимость, не упоминая, правда, что она привела к благоприятным для США результатам только в самом конце, причем при вооруженной помощи французов.
Все же президент, считаясь с мнением советников, принял меры по улучшению технического оснащения вооруженных сил. В 1802 г. было решено создать Армейский инженерный корпус (US Army Corps of Engineers), куда вошли специалисты, призванные обеспечить армию различными средствами ведения боевых действий. Но к этому моменту подобных военных специалистов просто не существовало, в связи с чем в следующем году Джефферсон инициировал создание Военной академии США, разместившейся в городке Вест-Пойнт (штат Нью-Йорк) с живописным видом на реку Гудзон. Это было первое военное учебное заведение в стране, и оно существует и по сей день. Здесь еще с 1778 г. находился форт, спроектированный Тадеушем Костюшко – будущим руководителем Польского восстания 1794 г. Вест-Пойнт стал подлинной кузницей не только кадров военных инженеров и техников, как предполагалось изначально, но и высшего командного состава Армии США. И все же именно выпускники Вест-Пойнта в первой половине XIX в. спроектировали бо́льшую часть железных и других дорог, а также мостов страны.
При всей своей решимости содержать лишь небольшую регулярную армию президент был сторонником продвижения на запад как путем оттеснения индейцев, так и с помощью покупки новых территорий. В отношении индейцев проводилась политика кнута и пряника.
