Св. Синода К.П. Победоносцев на том основании, что автор непочтительно отзывается о матери Церкви Русской Греческой Православной Церкви. Суждение Победоносцева, вероятно, подсказанное ему противником Каптерева Субботиным, было не вполне правильным по форме выражения, ибо Каптерев нигде открыто не порицал Греческую Церковь как таковую, однако верным по сути, поскольку его работа (а также и последующие) содержит большое количество негативного материала о многих представителях греческого духовенства, что в целом создает у читателя весьма неблагоприятную и не вполне адекватную картину состояния Греческой Церкви вообще. Определение Синода основывалось на том, что Н.Ф. Каптерев в своем исследовании опирался на случайные и искусственно подобранные факты и сделал несостоятельные выводы и заключения, непочтительно отозвался о Греческой Церкви и ее иерархах, а также дал основание раскольникам-старообрядцам найти оправдание их ложным взглядам. Этому решению предшествовала борьба внутри Академии между теми, кто поддерживал Н.Ф. Каптерева и кто стоял на стороне Н.И. Субботина, причем последний действовал не научными методами, доказывая свою правоту, а путем интриг и апелляции к начальству. В результате профессор-протоиерей С.К. Смирнов, поддерживавший Н.Ф. Каптерева, был смещен с поста ректора Академии, а на его место был назначен Волоколамский епископ Христофор (Смирнов), «нанесший ей большой урон, особенно нравственной обстановке. Несомненно, это событие отразилось и на судьбе докторской диссертации Н.Ф. Каптерева»[4]. Отмена решения Святейшего Синода о присуждении Н.Ф. Каптереву докторской диссертации и практическое запрещение его книги вызвало ответную реакцию научной общественности. Императорская Академия наук наградила в том же 1888 году Николая Федоровича за его книгу престижной Уваровской премией.
В своей книге Н.Ф. Каптерев «осветил такие важные и интересные моменты в истории России и в ее отношении к Востоку, как то: учреждение патриаршества в России, роль русского царя и правительства в деле материальной поддержки Православия на Востоке, злоупотребление со стороны ряда представителей Востока царской милостыней и борьбу с ним, русское благочестие, воззрения на греков и эволюция этих воззрений. Труд очень важен своими правдивыми характеристиками целого ряда ученых-греков, игравших немаловажную роль в деле Патриарха Никона»[5]. Н.Ф. Каптерев доказательно изложил свой взгляд на неудачную попытку создания в Московском царстве в XVII веке системы образования, основанного на греческом религиозном и светском знании, а также тщетные потуги греков контролировать духовную жизнь русского общества, что вызвало поворот реформ царя Петра I в сторону европейской науки. «С этого времени греки волею или неволею должны были признать за Россией право на первенство в Православном мире не во имя только ее материальной силы и могущества, но и во имя ее культурного развития, которое, начавшись со времени
