избран членом-корреспондентом Академии Наук по разряду историко-политических наук.
Этот труд является отчасти воспроизведением, а в значительной мере продолжением более ранней работы: «Патриарх Никон и его противники в деле исправления церковных обрядов» (М., 1887). Выход в свет этой работы породил массу отзывов, общий тон которых сводился к тому, что данное исследование заслуженного ученого является выдающимся произведением, проливающим новый свет на многие стороны русской церковной жизни времен патриарха Никона. Работа эта представляет не только личную историю патриарха Никона и царя Алексея Михайловича, но и дает общий обзор отношений Церкви и государства в Московском царстве в середине XVII века. В своей фундаментальной работе Н.Ф. Каптерев в очередной раз подверг сомнению устоявшиеся взгляды целого поколения церковных историков во главе с Н.И. Субботиным, которые стремились к идеализации роли патриарха Никона. Новая книга Николая Федоровича была встречена научной общественностью с большим энтузиазмом, хотя в прессе были и негативные отклики и оценки на его итоговую работу.
В октябре 1912 г. Н.Ф. Каптерев избирается депутатом VI Государственной Думы от партии прогрессистов. Будучи по своим убеждениям западником, Каптерев даже на страницах работ, посвященных сношениям России с православным Востоком, часто делает замечания о безусловной пользе и неизбежности для России резкого разворота в сторону открытости «просвещенному» Западу, имевшего место при Петре I. Не вызывает удивления, что свою политическую деятельность он вел в Думе, будучи депутатом от партии прогрессистов – собрания наиболее прекраснодушных либералов-западников, в политическом отношении имевших наименьший вес даже в среде либералов, а в масштабе страны и вовсе ничтожный. Впрочем, в Думе Каптерев занимался тем, что ему было близко – отстаивал права Духовной Академии и вообще духовной школы, добиваясь улучшения материального положения ее представителей.
Таким образом, последние пять лет жизни Каптерева были посвящены общественно-политической деятельности, разворачивавшейся в России с 1914 г. на фоне Первой мировой войны и последовавших за ней двух революций.
Весной 1917 г. Николай Федорович вернулся в Сергиев Посад из Петрограда, где в то время бушевала революция, с воспалением легких в запущенной форме. Крепкий для его 70-летнего возраста организм долго боролся с болезнью, однако 31 декабря 1917 (по старому стилю) в 7 часов утра выдающийся русский ученый, профессор Николай Федорович Каптерев скончался. Его отпели 2/15 января 1918 г. в храме Духовной Академии и похоронили на Вознесенском кладбище Сергиева Посада. К глубокому прискорбию, это кладбище было уничтожено в советское время, а следы могилы ученого утеряны.
На смерть Каптерева научная общественность, несмотря на чрезвычайно тяжелые обстоятельства, в которых пребывала страна, откликнулась в 1918 г. рядом некрологов, воздающих дань глубокого уважения достижениям выдающегося русского ученого.
