Москве и не имела средств приезжать к сыну, Матюшкин оставался один в Лицее, когда все лицеисты разъезжались. В таких случаях Энгельгардт забирал мальчика к себе. Он так отзывался о своём воспитаннике: «Тихая, добрая душа, которая делает именно то, что должна…»
У Фёдора была прекрасная память, ей мы обязаны многими подробностями лицейского быта. Так, например, он записал все 200 номеров, которыми славился другой лицеист Яковлев, любивший актёрствовать. Яковлев ловко изображал людей и животных, разыгрывая перед своим товарищами различные сценки.
А перед самым выпуском Матюшкин составил две тетради: в одну он поместил ненапечатанные стихи воспитанников, а в другую – всё то, что было размещено в лицейских журналах.
Впоследствии Матюшкин был очень полезен для исследователей «пушкинского набора» Лицея как живой свидетель и хранитель многих бесценных бумаг, имеющих отношение к первым лицеистам и их учителям.
С Пушкиным Матюшкина связывала любовь к морю. Поэта живо интересовали предстоящие морские странствия своего товарища, и это сильно сближало двух таких непохожих друг на друга людей.
Энгельгардт не обманул ожиданий Матюшкина. Хорошо зная Головнина, он попросил его взять юношу в кругосветку. Покидая Лицей, Матюшкину было нелегко расставаться как с товарищами и педагогами, так и с самим местом своей учёбы. Годы, проведённые в Лицее, сделали для него Царское Село вторым домом:
«Был у нас выпуск: Государь на оном присутствовал, посторонних никого не было: всё сделалось так нечаянно, вдруг; я выпущен с чином коллежского секретаря; ты конечно поздравишь меня с счастливым началом службы. Ещё ничего не сделавши – быть X класса. Конечно это много, но мы судим по сравнению: некоторые выпущены титулярными советниками, но об этом ни слова.
Я вознагражден тем, что Директор наш Е. А. Энгельгардт, о котором я писал к тебе уже несколько раз, обещал доставить мне случай сделать морское путешествие. Капитан Головнин отправляется на фрегате “Камчатка” в путешествие кругом света, и я надеюсь, почти уверен идти с ним.
Наконец, мечтания мои быть в море исполняются; дай Бог, чтоб ты был так счастлив, как я теперь. Однако мне не достает товарищей, – все оставили Царское Село, исключая меня. Я, как сирота, живу у Е.А., но ласки, благодеяния сего человека день ото дня, час от часу меня более к нему привязывают. Он мне второй отец. Не прежде как получу известие о моем счастии (ты меня понимаешь), не прежде я оставлю Царское. Шестилетняя привычка здесь жить делает разлуку с ним весьма трудною».
Матюшкина приняли к капитану Головнину волонтёром, и только в декабре 1819 года он был зачислен мичманом в 21-й флотский экипаж.
Весной 1820 года лейтенант барон Ф. П. Врангель предложил Матюшкину отправиться вместе с ним в экспедицию к берегам Ледовитого океана для описи побережья Восточной Сибири. За время путешествия Матюшкин провёл описание Большого Анюя, правого притока Колымы, Медвежьих островов и острова Четырёхстолбового. «Земли Андреева», поиск которой был также намечен
