зависимость Русской церкви от Константинопольского (Вселенского) Патриарха была лишь номинальной, завоевание Константинополя турками совсем уменьшило ее, к тому же после Флорентийской унии на Руси стали даже сомневаться в правоверии греческого духовенства. В Уложенной грамоте, узаконившей русское Патриаршество, за подписью Константинопольского патриарха Иеремии II, его собственными словами специально упоминается «великое Российское царствие, Третей Рим». Это было подтверждено в 1590 г. Собором Патриархов поместных Церквей. Первым патриархом стал московский митрополит Иов.
Народ реагировал на возрастающую централизацию власти, ее воинственную внешнюю политику, защиту интересов поместного дворянства по своему – он массами бежал в южные степи, переселялся в новые земли на Урале и в Сибири, на окраинные территории. Наиболее отчаянные из них занимались разбоем. Феодалы, стремившиеся увеличить свои доходы, требовали закрепления свободного выхода крестьян из своих вотчин и поместий, все большего их закрепощения. Народ выражал свое возмущение бунтами и бегством. Царские указы 1592, 1597 годов пытались приостановить бегство крестьян и переманивание их богатыми феодалами, был установлен пятилетний срок сыска беглых крестьян, но остановить этот процесс было невозможно.
Со смертью царя Федора Ивановича династия Рюриковичей прекратила свое существование. Земским собором на царствование был избран Борис Федорович Годунов, бывший опричник, шурин царя Федора, фактически правивший страной в годы его царствования. Царь Борис Годунов продолжил политику своих предшественников. Еще активнее стали приглашать иноземцев на русскую службу. В Москве уже никого не удивляли заморские купцы, лекари, промышленники, военные, ученые люди. Все они получали должности и жалованье, земли с крестьянами. Не удалась попытка Годунова создать в Москве университет. Этому воспротивилось духовенство, которое больше знаний боялось всяких ересей. В российское государство все активнее проникали элементы европейской культуры. В первую очередь это касалось одежды, жилья, светских церемоний. При нём в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например в Кремле был сооружён водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Строились и новые крепостные укрепления. В 1584—1591 годах под руководством зодчего Федора Савельева по прозвищу Конь были возведены стены Белого города протяжённостью 9 км (внутри современного Бульварного кольца).
Если царствование Бориса началось довольно успешно, то постепенно череда опал породила уныние, а после двойного неурожая разразилась настоящая катастрофа. С 1601 по 1603 год в стране свирепствовал страшный голод. Как свидетельствуют источники, люди умирали на улицах и дорогах и ели друг друга. Цены на продовольствие выросли в сто раз. Борис Годунов всячески старался помочь голодающим, устраивая массовые раздачи хлеба. Но одни проблемы порождали другие.
