Иниго записался на курс философии у магистра Хуана Пеньи, которому было всего 25 лет, то есть он был значительно моложе Иниго. В коллегии св. Варвары он жил вместе со своим учителем, а также с Пьером Фавром и Франсиско де Хавьером. На обоих Иниго оказал огромное влияние и давал им упражнения. В последующие годы они станут его первыми и ближайшими сподвижниками.
Со времени изучения философии Иниго все чаще называет себя «Игнатием». Он никогда не говорил о причине, по которой изменил имя. Однако его сподвижники позже, объясняя этот факт, сообщают, что Иниго хотел придать своему имени более распространенную в мире форму. Также в этом нашло выражение его особое почитание святого Игнатия Антиохийского. Когда до Игнатия дошли слухи, что его упражнения подозревают в ереси, он сам пошел к инквизитору, доминиканцу о. Валентину Льевину. Тот счел это дело незначительным, однако попросил Иниго, чтобы тот показал ему свои записи, вероятно потому, что они заинтересовали его лично. Возможно, Иниго дал ему список книги Духовных упражнений, который сегодня, к сожалению, утрачен. Он мог бы дать весьма ценные сведения для исследования процесса возникновения и редактирования Духовных упражнений. Инквизитор устно заверил Иниго, что упражнения не содержат никакой ереси, однако Иниго настоял на том, чтобы он выдал ему письменное свидетельство и потом официально заверил его у нотариуса.
Начиная с этого времени, Иниго начали мучить новые телесные недуги, которые сохранялись вплоть до его смерти. После смерти врачи установили, что причиной его болей были почечные камни, которые давали себя знать в болях желудка. Парижский климат был для Иниго не благоприятен, и никто не мог ему помочь. Врачи советовали ему – как это было принято в безнадежных случаях – подышать «родным воздухом». Это стало одной из причин, которые побудили Игнатия прервать изучение богословия и, оставив Париж, отправиться на свою баскскую родину.
Философия и богословие
Что же изучал Игнатий в Париже? Какое духовное влияние испытал он в этот период? После прохождения humaniora в консервативной коллегии Монтегю, которое включали в себя прежде всего изучение латыни и классических латинских авторов, он начал занятия философией, artes. Коллегия св. Варвары характеризовалось более открытой, литературно-гуманистической направленностью. Здесь Игнатий мог наконец вдохнуть подлинно университетский воздух. Философия состояла из трех курсов, или трехгодичной программы. Первые два года изучалась в основном логика, прежде всего, Summulae Петра Испанского и комментарии к ним. Хуан Пенья использовал однако главным образом оригинальные произведения Аристотеля, Organon. На втором году обучения изучалась логика Аристотеля и комментарии к ней. Основным методом обучения были диспуты, на которых студенты упражнялись в умении мыслить и отстаивать свое мнение. После двух лет обучения студенты сдавали экзамен и получали титул бакалавра философии. На третьем курсе изучались физика, метафизика
