Бабиновской дороги возник город Верхотурье, а Лозьвинский городок прекратил существование. Часть оборонительных сооружений разобрали и сплавили по реке в Пелымский острог, а гарнизон перевели в Верхотурье. Еще один значимый водный путь проходил по притоку Вишеры – реке Колве. Он шел на север, в бассейн Печоры.
До сих пор неясно, почему Ермак со своей дружиной отправился покорять Сибирь не по Вишере, а по Чусовой и Серебрянке. Есть предположение, что это задумали для неожиданного нападения на неприятеля – там, где не ждали. А пока Ермак двигался по направлению к Сибири, на Вишеру подошло войско князя Кихека. Оно разбило русскую заставу около устья реки Сторожевой и подошло к Чердыни. Взять город войско Кихека не смогло, но принесло большие разрушения и жертвы в Прикамье. После взятия Искера сподвижник Ермака Иван Кольцо в декабре 1583 года спешил к царю Ивану Грозному с новостью о покорении Сибири уже не по Чусовой, а по Вишере. Когда Сибирь была покорена, Вишеро-Лозьвинский путь значительно оживился.
От Чердыни к Вишере шел сухопутный тракт, который выходил к реке на правом берегу в районе современного Красновишерска – около деревни Бахари.
Со временем начало расти значение Соли Камской (современный Соликамск). Велись поиски нового, более короткого и удобного пути за Урал. В 1597 году его открыл Артемий Бабинов, проследивший путь манси от пещерного святилища на реке Чаньве. Новая дорога, названная Бабиновской, прошла от Соли Камской через верховья Яйвы и Косьвы до Верхотурья. Новый сухопутный путь значительно упростил и сократил путь на восток. Значение города Чердыни и реки Вишеры снизилось. Теперь на Вишере появлялись лишь лодки рыбаков и охотников да осуществлялись местные перевозки грузов.
Среднее и верхнее течение Вишеры принадлежало манси (вогулам). Сначала граница расселения двух народов проходила по реке Морчанке, затем долгое время граница мансийских земель проводилась у камня Писаного. На камне Писаном, а также на расположенном неподалеку от него камне Моховом сохранились древние наскальные рисунки. Они считались самыми северными из известных на Урале, пока в 1996 году не были открыты археологом В. Н. Широковым фрагменты новой писаницы на скале Дивий камень на реке Колве – притоке Вишеры.
Камень Говорливый. Фото начала XX в.
В «писцовых книгах» 1579 и 1623—24 годов на Вишере не зарегистрировано ни одного русского населенного пункта. В 1667 году составлялись «Расспросные речи чердынцев и пермян (коми-пермяков) по государеву указу о горах, озерах, зверях, серебряной или медной руде и о проч. на северо-восток от Перми». Про Вишеру там говорилось: «В восточной стороне на пустых местах вверх по Вишере – реке, которая близко Чердыни прошла, мимо Чердынский уезд, есть де горы каменные. Прозванья им: гора Сторожевая, гора Велгур, гора Лапина, гора Сыпучая,
