его плиты были заменены мрамором «барделио», добывавшимся в Италии близ Серравензы. Иконостас вырезали из белого мрамора, добытого в карьерах Винкарелла, Фальковия и Альтесимо. По первоначальному плану Монферрана колонны в алтаре должны были быть сделаны из зеленой сибирской яшмы, но в 1836 году на Медно-Руднянском руднике на Урале была найдена огромная глыба малахита, и было решено использовать для колонн алтаря этот камень. Учитывая значимость собора, для него не жалели каменного материала. Монферран мог выбирать любые цветовые гаммы из самых ценных пород камня. Статус Исаакиевского собора, как главного православного храма столицы империи, давал Монферрану неограниченную возможность выбора для строительства собора любых самых замечательных видов цветного камня. И он в полной мере использовал эту возможность. Можно сказать, что в вопросах внутренней отделки собора он выступал как своего рода композитор, оркеструющий цветовую гамму, выбирая наиболее подходящие для отделки собора разновидности камня. Две центральные колонны иконостаса высотой 4.9 метров и диаметром 0.41 метра облицованы бадахшанским лазуритом по методу «русской мозаики». На краю боковых приделов иконостаса также из пластинок лазурита выложен излюбленный древнегреческий орнамент – меандр, или «бордюр a la greque». Ступени к алтарю и нижняя часть иконостаса вытесаны из темно-красного шокшинского порфира («шиханского порфира»). Из него же сделан карниз, венчающий каменный декор всего интерьера. Пол по периметру собора окаймлен плитами этого кварцита. Пол составлен из расположенных в шахматном порядке плит темно-серого рускеальского мрамора. Центральная часть пола под куполом собора представляет великолепную мозаику в форме огромного круга, называемого «розеансом», то есть розой, набранную из розового и вишнево-красного мрамора и обрамленного «бордюром a la greque».
По описанию А. Булаха и Н. Абакумовой (1997), нижняя часть стен и громадных пилонов выложена плитами черного аспидного сланца. Стены украшены пилястрами и колоннами из светло-розового и вишнево-красного тивдийского мрамора. Всего внутри собора 8 колонн и 172 пилястры, полу- и четверть-пилястры из карельских мраморов. Колонны и пилястры теплого светло-розового цвета каннелюрованы, а темные вишнево-красные пилястры гладкие. В некоторых плитах, например в юго-западном углу собора нежно-розовый цвет мрамора постепенно переходит в темный вишнево-красный, а иногда камень становится пепельно-розовым, почти серым. Под пилястрами в рамках из белогорского мрамора расположены круглые медальоны и узкие фигурные доски, изготовленные из хорошо отполированной соломенской брекчии. В углублении между пилястрами в стены вставлены огромные плиты из разноцветного импортного мрамора: зеленого генуэзского или «verde di Levanto», или красного – «rosso di Levanto», желтого сиенского. Настенные иконы орнаментированы резным белым итальянским мрамором, а под ними находятся большие доски из ярко красного французского мрамора – гриотто, в котором выделяются белые округлые пятна окаменелых раковин. В целом создается впечатление, что Монферран оркестровал симфонию красок отделочного камня.