Цви Цур все-таки сделал представление премьер-министру и министру обороны Давиду Бен-Гуриону, утверждая, что армия в состоянии сама выбирать и назначать своих руководителей. Несмотря на то что Харел был любимцем Бен-Гуриона и имел на него большое влияние, Бен-Гурион согласился с мнением армии.
Но взаимоотношения между Харелом и Амитом навсегда получили отнюдь далеко не самый лучший характер, естественно, что и взаимоотношения между возглавляемыми ими организациями тоже сразу же резко изменились в худшую сторону. Амит был кадровым военным и боевым командиром. Он привык обо всем высказываться прямо, никогда не скрывал своего недовольства и по своему характеру не мог подчиняться кому-либо, кроме своего непосредственного начальника. Естественно, он не желал и не мог играть вторую скрипку в ансамбле, в котором Исер Харел хотел быть только первой. У Амита было большое преимущество перед Харелом: как боевой командир он прекрасно понимал роль разведки для армии. И поэтому он считал, что все усилия разведки должны быть направлены на работу во враждебных странах, особенно в соседних. На случай начала новой войны армия должна иметь исчерпывающую информацию о состоянии дел во вражеских армиях. Такого же мнения о роли разведки придерживались многие старшие военные офицеры и многие члены правительства. Они отнюдь не одобряли усилий Харела и его ведомства, мобилизованных на цели, вовсе не связанные с безопасностью и обороной страны, пусть даже такой целью была поимка Эйхмана. Но Амита поддерживали немногие. С одной стороны, Харел был живой национальной легендой даже для простого народа, который не знал его имени, с другой стороны, Амит только начинал свою деятельность в разведке и еще ничем конкретным себя не проявил.
С первого же дня своей работы в качестве начальника Военной разведки Амит начал утверждать, что не только цели его коллеги Харела неверны, но и методы его работы являются устаревшими и неэффективными, в разведке нельзя жить от одной операции до другой, необходима планомерная, с четко поставленными намного вперед задачами, разведывательная политика.
Именно таким образом Амит начал строить деятельность своего разведывательного ведомства. Последовавшие в скором времени события подтвердили правильность взглядов Амита и укрепили его авторитет как руководителя разведки. 21 июня 1962 г. президент Египта Насер объявил, что Египет произвел запуски четырех разработанных им ракет с дальностью полета между 280 и 560 км. Это произошло почти через год после того, как Израиль испытал свою первую ракету «Шавит-2» (хотя «Шавит-1» никогда не существовал). В Израиле после объявления Садата началась чуть ли не паника. Оказалось, что даже Мосад и Военная разведка узнали о существовании египетских ракет только из выступления египетского президента. Разгневанный премьер-министр Давид Бен-Гурион приказал Харелу немедленно выяснить все подробности. Уже через месяц Харел их выяснил. Оказалось, разработкой
