вериги апостола Петра (одну из цепей она отправила дочери в Рим) и Влахернская икона Божией Матери.
После возвращения в столицу влияние Евдокии заметно усилилось: префектом претории Востока стал её фаворит Кир из Панополя, учёный и поэт, близкий царице по эллинской культуре. Она заручилась поддержкой евнуха Хрисанфия, имевшего большое влияние на Феодосия, и вместе с ним приступила к отстранению Пульхерии от управления империей. Феофан Исповедник пишет, что сам Хрисанфий вошёл в доверие к Евдокии, чтобы использовать её для собственной цели по смене константинопольского патриарха, чему противилась Пульхерия.
По наущению евнуха Евдокия попросила Феодосия, чтобы тот повелел патриарху Флавиану посвятить Пульхерию, как давшую обет девственности, в диакониссы. Флавиан не стал противиться воле императора, но попросил Пульхерию «не допускать его к себе, чтобы не быть ему принуждену сделать ей какое-либо огорчение». Пульхерия, узнав о заговоре, не стала бороться и «удалилась в Евдомон на покой», а Феодосий и Евдокия «вознегодовали на Флавиана за то, будто он открывает тайны дома их». Такие действия Евдокии вызвали негодование у клерикальной партии, привыкшей управлять делами при Пульхерии, что привело к опале императрицы.
Около 441 года Евдокия была заподозрена мужем в любовной связи с Павлином, другом детства Феодосия II. Павлина сослали в Каппадокию, где в 444 году его казнили.
После этих событий Евдокия упросила царя отпустить её в Иерусалим для молитвы. Феодосий легко согласился на это, так как уже не чувствовал к Евдокии ничего, кроме ненависти, подозрительности и злобы, разжигаемыми его свитой.
После того, как Евдокия удалилась в Иерусалим, Пульхерия попыталась захватить всю её собственность. Согласно хронисту VII века Иоанну из Никну стороннику монофизитов, Пульхерия подготовила указ о переходе дворца и прочего имущества императрицы в её собственное владение. Когда Феодосий собрался подписать документ, он заметил дополнение: «Императрица Евдокия становится моей [Пульхерии] рабыней». Разгневанный император отослал сестру и перестал следовать её желаниям.
В 443 году Евдокия переехала в Иерусалим. Первое время она жила в нём как императрица, окружённая свитой, где выделялись священник Север и диакон Иоанн, которых она привезла вместе с собой из Константинополя. Правитель Иерусалима Сатурнин донёс об этом Феодосию и тот, всё ещё подозревая в гневе Евдокию в супружеской неверности, «дал повеление отрубить им головы». Евдокия отомстила доносчику за эту обиду, Сатурнин пал от рук убийц, возможно подкупленных или просто направляемых опальной императрицей.
После этого в жизни Евдокии начался новый период: Феодосий отозвал из Иерусалима всех составляющих её свиту императорских чиновников и, таким образом, лишил её преимуществ императорского звания. Она начала жить как частное лицо, но благодаря оставшимся у неё богатствам прославилась как щедрая благотворительница
