соперники Нестория – будущий патриарх Прокл (434–447 гг.), александрийский епископ Кирилл, римский папа Целестин, по инициативе которого Римский собор в августе 430 осудил учение Нестория. Пульхерия, посвятившая себя культу Богородицы Марии, немедленно присоединилась к врагам Нестория, несмотря на то, что Нестория поддерживали Феодосий и Евдокия.
О личной вражде патриарха Нестория и Пульхерии есть свидетельство в византийской Суде. Несторий будто бы обвинил Пульхерию перед императором в проституции, за что та воспылала к нему ненавистью.
В июне 431 года состоялся Третий Вселенский (Эфесский) собор, на котором Несторий был низложен вопреки воле императора. Историки и современники видели за этим усилия лично Пульхерии, её влияние и авторитет в церковных кругах как Византии, так и в западной части Римской империи, сильно возросли.
В 440-х годах большое влияние при византийском дворе приобрел евнух Хрисафий. Феофан так сообщает о его намерениях: «Нечестивый Хрисафий, с завистью смотревший на согласие Церквей, всемерно старался возмутить их… Но пока Пульхерия всем управляла, он не мог ничего сделать, и потому обратился к неопытной Евдокии».
Интригу Хрисафий направил против Пульхерии. Он подбил Евдокию просить императора, чтобы Пульхерия была посвящена в диакониссы, что удалило бы её от мирских дел. Патриарх Флавиан предупредил Пульхерию, и та скрылась в пригороде Константинополя (Евдомоне).
Хронист VII века Иоанн из Никиу, настроенный против Пульхерии, рассказывает про опалу Пульхерии другую историю. По его словам она подготовила указ о переходе дворца и другого имущества императрицы Евдокии в собственность Пульхерии. Когда Феодосий собирался подписать его, он заметил приписку что его жена должна стать рабыней Пульхерии. Это так разгневало императора, что он отослал сестру и приказал патриарху посвятить её в диакониссы. Более поздний хронист Феофан, прославляющий деяния Пульхерии, превращает историю о рабстве императрицы в шутку: «Между прочим премудрая Пульхерия раз предложила ему [Феодосию] бумагу об отдаче ей в рабство супруги его, Евдокии, которую он не читавши, подписал, за что потом она укоряла его».
Однако вскоре и сама Евдокия оказалась в опале, заподозренная мужем в супружеской неверности. Евдокия удалилась в 443 году жить в Иерусалим, а Пульхерия вернулась по просьбе Феодосия во дворец. Хрисафий позднее был выдан по приказу Пульхерии своему кровнику и убит.
Согласно церковной истории греко-православной традиции (с чем не согласна церковная история нехалкидонской древневосточной христианской традиции), после победы над несторианством возникла новая ересь, учение константинопольского архимандрита Евтихия об отрицании человеческого начала в Христе (монофизитство). По этому поводу в 449 году собрался Второй Эфесский Собор, позднее заклеймённый Разбойничьим, который низложил патриарха Флавиана и приняв исповедание Евтихия оправдал его от обвинений в ереси. Римский папа Лев I шлёт многочисленные
