3 тысяч британских солдат, Наполеон провел последние 6 лет своей жизни, занимаясь написанием мемуаров. Дом и территория, примыкающая к нему, были окружены каменной стеной протяжённостью шесть километров. Вокруг стены были расставлены часовые так, чтобы видеть друг друга. На вершинах окрестных холмов размещались дозорные, сообщавшие сигнальными флажками о всех действиях Наполеона. Побег с острова был невозможен. Тем не менее Наполеон пользовался относительной свободой, выходил и выезжал куда угодно, совершал верховые прогулки, принимал кого ему заблагорассудится. Его ссылку добровольно разделили граф Эммануэль Огюстен де Лас-Каз, ставший ближайшим доверенным лицом Наполеона, и генералы Шарль-Тристан Монтолон, Анри Гасьен Бертран и Гаспар Гурго. Последнему в 1840 году король Луи Филипп поручил эксгумировать останки Наполеона и перевезти их во Францию, где они были торжественно захоронены в Доме инвалидов.
Наполеон Бонапарт. Гравюра конца XVIII в.
Здоровье Наполеона неуклонно ухудшалось, что приписывали нездоровому климату острова. С 1819 года император болел почти постоянно. Он жаловался на боль в правом боку, у него опухали ноги. Лечащий врач Наполеона Франсуа Антомарчи диагностировал у больного гепатит, но затем пришел к выводу, что это рак желудка. Наполеон вспомнил, что от этой болезни умер его отец Карло Буонапарте в возрасте 38 лет. В марте 1821 года состояние Наполеона ухудшилось настолько, что он не сомневался в близости конца. 13 апреля 1821 года император продиктовал своё завещание. Он уже не мог передвигаться без посторонней помощи, боли стали резкими и мучительными. Наполеон Бонапарт скончался в субботу, 5 мая 1821 года, в 17 часов 49 минут. Его последними словами, сказанными в бреду, были «Авангард армии!». Его похоронили недалеко от Лонгвуда.
Существует версия, что Наполеон был отравлен. Эту гипотезу выдвинул шведский стоматолог Стен Форсхувуд, исследовавший волосы Наполеона и нашедший в них следы мышьяка. В отравлении подозревали губернатора Св. Елены Хадсона Лоу, с которым у Наполеона сложились не самые теплые отношения и который будто бы выполнял секретные распоряжения Лондона по медленному умерщвлению «узурпатора». В 1960 году английские ученые С. Форшафвад, Х. Смит и А. Уоссен проанализировали химический состав волос Наполеона из пряди, срезанной с головы императора на следующий день после смерти, нейтронно-активационным способом. Концентрация мышьяка почти на порядок превышала нормальную. Другую прядь волос на экспертизу передал Клиффорд Фрей, который получил их по наследству от отца, а отец от личного слуги Наполеона Абрама Новерры. Длина самого большого волоса 13 сантиметров позволяла определить изменение концентрации мышьяка в волосах в течение года. Анализ показал, что в течение четырех месяцев последнего года перед смертью Наполеон получал большие дозы мышьяка, причём интервал времени максимума накопления мышьяка совпадал с одним из периодов резкого ухудшения
