Лев Николаевич, руководя ЭПРОНом, был одновременно начальником Особого отдела Московского военного округа. Его заместителем был М.П. Фриновский, впоследствии, уже в качестве заместителя наркома Ежова, подписавший ордер па арест Л.Н. Захарова-Мейера.
После опалы 1930 года Мейер проживает то в Ташкенте, то в Саратове, где служит в территориальных органах НКВД. В 1934 году у руководства НКВД вдруг появляется идея назначить Мейера начальником пожарной охраны СССР, которая тогда тоже входила в состав НКВД. Спустя некоторое время Мейера назначают заместителем начальника ГУЛАГа. Все это время Мейер настойчиво просит руководство НКВД отпустить его на учебу. И тут ему препятствует Ягода. Тогда Мейер пытается вернуться в ЭПРОН. Но получает отказ. Однако Мейер все же добивается своего и поступает в Военную академию имени М.В. Фрунзе, которую успешно оканчивает в 1935 году. Вскоре ему присваивают звание корпусного комиссара.
Последний период жизни – гражданская война в Испании. Вот сведения из письма Советского комитета ветеранов войны: «Участников войны в Испании осталось мало. Из опросов товарищей установлено, что ответственный за отправку кораблей из Одессы и Севастополя был тов. Мейер. Лиц, которые с ним работали и лично знали его, нет».
Дети Льва Николаевича до сего дня сохранили испанскую пилотку отца. По предположениям детей, Лев Николаевич был в Испании дважды – во второй половине 1936 года, возможно, на подводной лодке. Вполне возможно, что как чекист, имевший практический опыт работы с золотом, Мейер курировал именно этот вопрос и в Испании. По-видимому, именно он занимался и доставкой золотого запаса Испании в СССР, в особенности его последней партии, которая переправлялась в чрезвычайно сложных условиях.
По воспоминаниям племянницы Мейера О.Т. Леонтьевой, вскоре после возвращения в СССР, 9 июня 1937 года, Мейера арестовали прямо в поезде. Жена и дочь напрасно встречали его на вокзале. Никто из вагона не вышел. При обыске в квартире Мейера нашли карты пограничных с Польшей районов, сделанные им для дипломной работы в академии Фрунзе. При обыске исчезла и весьма загадочная рукопись Мейера «Темно-голубая бездна». По другим сведениям, рукопись именовалась «Темно-голубой мир». Известно, что редактором ее был сам Максим Горький. В ней описывалась работа ЭПРОНа и вполне могли быть сведения об истинных событиях, связанных с «Принцем». Из всего архива Мейера уцелела только небольшая статья о подъеме L-55, опубликованная в журнале ВМФ «Советский моряк» (1959, № 4, 5).
Но Ягода по какой-то причине не успел уничтожить Мейера или не захотел этого сделать. Мейер был осужден, уже в бытность руководства НКВД Ежовым, Особым совещанием 10 августа 1937 года и сразу же расстрелян «за оскорбление суда действием». Ни одного протокола следствия он так и не подписал. Согласно протоколу, расстрел был произведен во дворе внутренней тюрьмы на Лубянке. От случайных свидетелей родственники узнали, что расстрелянный шпион и враг народа наутро еще «валялся во дворе
