Илистые глины со дна озера за тысячелетия накопили много органики и обладают животворными лечебными свойствами. Вообще, Челябинский Урал славится оздоровительными грязями, тут представлен их полный набор: от органических сапропелей до минеральных грязевых субстратов.
Охраны требуют не только чистейшие воды и реликтовые ельники (на горе Ицыл на Длинном мысу), но и археологические памятники. На берегах озера обнаружены следы обитания человека в течение тысячелетий. Особенно интересные находки открыты на мысах Каменный и Долгий Ельник. Стоянки на озере Зюраткуль представляют собой большую ценность, это единственное на Урале высокогорное поселение эпохи каменного века (17 тысяч лет назад). Эти стоянки представляли собой временные жилища охотников и рыболовов с остатками предметов быта, орудий труда (из яшмы, кремния, сланца), отходами производства. Когда-то елово-пихтовые леса росли в горах на Южном Урале почти повсеместно, дремучие беспросветные заросли рождали фантастические легенды. Оставшиеся островки реликтовых ельников – особая ценность.
Высоты увенчаны нагромождениями скал, более ровные участки покрыты горной тундрой с карликовыми березками и ивой, можжевельниками и ягодниками; большие участки заняты мхами и лишайниками. На склонах хвойные леса чередуются каменными реками – курумами; это разгаданный географами природный феномен горного рельефа. Камни от промерзания и оттаивания движутся вниз по склону, как реки, только каменные. А еще наводящие мистический страх болота, вплоть до водоразделов.
В более поздний период, когда на Урале обитали племена татар и башкир, о природных памятниках Зюраткуля слагались легенды и сказания, связанные с татаро-башкирскими названиями. И многие из них отражали необычность места и странные ощущения, которые человек испытывал вблизи этих форм рельефа. Например, Москаль – «ведьмина гора», хребет Нургуш – «светлая птица» и т. д. Само слово «зюраткуль» имеет несколько недословных переводов – «большое лошадиное озеро», «могильное озеро», «озеро, в котором, как в зеркале, отражаются горы», «сердце-озеро». Последний считается наиболее популярным. Существует несколько легенд, объясняющих такой перевод, например о девушке Амине – первой красавице племени, залюбовавшейся своим отражением в зеркальной глади озера и потому отвергнувшей любимого. Верное сердце не стерпело самовлюбленности хозяйки, выпрыгнуло из груди и навсегда осталось на дне озерных вод. После этого воды стали кристально чистыми, как настоящая любовь, и вечно холодными, как коварная душа. Амина же навсегда окаменела и превратилась в часть хребта Зюраткуль – Голую Сопку (1198 м).
Здесь же в живописных скалах видятся то фантастические чудовища, то сказочные дворцы. Через перевал между сопками проходит старинная тропа, ей не менее трех тысяч лет. По преданию, она была еще древнейшим путем через Уральские горы. По ней проходило войско Емельяна Пугачева из Зауралья на Казань; тропа так и зовется
