Нуньес, правивший с 1544 по 1546 год. Следом прибыл из Новой Испании Антонио де Мендоса, краткое правление которого длилось два года (1551–1552). Мендосе наследовал Андрес Уртадо де Мендоса, маркиз Каньете (1556–1560); далее правили Диего де Асеведо-и-Суньига, граф Ниева (1560–1564); лисенсиадо (см. Глоссарий) Лопе Гарсия де Кастро (губернатор. 1564–1567; он был letrado, человеком с университетским образованием, а не сановником); Франсиско де Толедо, величайший из испанских проконсулов (1568–1580); Мартин Энрикес де Альманса, также из Новой Испании, (1580–1583, он основал колледж Святого Мартина в Лиме); Фернандо Торрес-и-Португал, граф Вильярдомпардо, деревни в Хаэне, от которой он получил свой титул (1586, он имел толику крови королевской династии Португалии); Гарсия Уртадо де Мендоса, второй маркиз Каньете (1588–1595); Луис де Веласко-младший, снова выходец из Новой Испании, правил с 1596 по 1604 год. Последний перуанский вице-король сделал очень много для улучшения условий, в которых существовало большинство индейцев. Однако в целом наместники, как правило, предпочитали пребывать в блаженном неведении о проблемах туземцев.
В соответствии с кастильской традицией все муниципалитеты в пределах империи обладали некоторой степенью самоуправления в форме городских советов (cabildos), членами которых – здесь безоговорочно копировался кастильский образец – были советники (regidores), избранные местными жителями, и магистраты (alcaldes), отобранные советниками. До конца шестнадцатого столетия советников зачастую назначала корона, и при этом было довольно широко распространено нечто вроде передачи должности по наследству. Правда, порой в населенных пунктах проводились cabildos abiertos, собрания всех мужчин, владевших каким-либо имуществом. Несмотря на все более строгий контроль со стороны должностных лиц, назначенных короной, все муниципальные органы власти обладали исполнительными, судебными и даже законодательными прерогативами на своей территории. Время от времени появлялись защитники прав индейцев, которым иногда удавалось добиваться отдельных успехов. Финансами изначально управляли из Севильи, посредством крупного коммерческого предприятия Каса-де-ла-Контратасьон, что располагало штатом бухгалтеров, инспекторов, казначеев и факториалов (contadores, veedores, tesoreros и factores). Эта схема, с незначительными вариациями, применялась по всему испанскому Новому Свету.
В теории советников полагалось выбирать мужскому населению территории, владеющему собственностью. Второй глава верховного суда (audiencia) Новой Испании доктор Себастьян Рамирес де Фуэнлеаль поражался тому, сколь упорядоченной оказалась процедура избрания советников в американских поселениях. Он даже особо отмечал, что «вводить индейцев в состав испанских cabildos значит раскрывать им глаза на все те пороки, какие присущи испанцам»189. Доброжелательный епископ Васко де Кирога придерживался схожих взглядов, как следует из его рассуждений о выборах в провинциальном городке Отумба, некогда захваченном Кортесом: выборы, по его словам, проводились столь четко и планомерно, что в это сложно было поверить.
Распространенным явлением в начальные дни существования испанской империи была encomienda, то есть приписывание какой-либо территории и
