ЦДУМ находится также более 20 региональных духовных управлений в субъектах РФ; Региональное духовное управление мусульман Республики Башкортостан в составе ЦДУМ, учреждено на съезде представителей местных мусульманских религиозных организаций, действующих на территории РБ и входящих в ЦДУМ. Председатель и муфтий Таджуддинов Мухаммад Талгатович. В ведении РДУМ РБ находятся 392 мусульманских прихода и одно высшее учебное заведение – Исламский университет. Всего в республике около тысячи мусульманских религиозных объединений, из них 94,2% расположены в сельской местности и только 5,8% – в 17 городах республики. В городах республики также действуют пять мусульманских учебных заведений: Исламский университет им. Р. Фахретдина (Уфа), медресе им. Марьям Султановой (Уфа), «Галия» (Уфа), «Hyp аль-Ислам» (Октябрьский), «Hyp аль-Иман» (Стерлитамак).
Ислам и духовные центры в Челябинской области. В Челябинской области зарегистрировано более 70 мусульманских общин, согласно данным социологических исследований 13% южно-уральцев (425 тыс. человек) являются последователями ислама. Этнические мусульмане – татары, башкиры, казахи – составляют 13,3% населения Челябинской области. В Челябинской области 69 мечетей, самые крупные из них – Каменная мечеть (Ак-мечеть) в Челябинске (в общей сложности в городе действуют девять мусульманских общин, которые объединяют примерно от 3 до 5 тыс. верующих); мечеть на хуторе Миасский (Металлургический район); мечеть Исмагила в Курчатовском районе. До недавнего времени мусульмане Челябинской области находились в сфере интересов двух духовных управлений – Центрального духовного управления мусульман России (председатель Т. Таджуддин) и Духовного управления мусульман Азиатской части России (председатель Н. Аширов). От имени ЦДУМ муфтием (Г. Шакаевым, после его смерти – Р. Раевым) были объединены зарегистрированные общины мусульман Челябинской и Курганской областей. Второй центр руководит общинами, признающими решения Духовного управления мусульман Азиатской части России. Представителями ДУМАЧР в Челябинской области были выходец из Сирии Салех Абдель Рахман Гази и Махмуд Габидулин. В 2007–2010 гг. стало заметным стремление исламских структур, входящих в Совет муфтиев России (СМР, Р. Гайнутдин), распространить свое влияние на мусульман Челябинской области. За последние два года созданы две общины от ДУМАЧР, три общины от Духовного управления мусульман «Ассоциация мечетей России» (AMP), одна община от Духовного управления мусульман Европейской части России (ДУМЕР).
По инициативе ДУМЕР под его юрисдикцией 28.07.2007 была заложена мечеть в деревне Акбашево Аргаяшского района. В закладке принимали участие Равиль Гайнутдин – председатель Духовного управления мусульман Европейской части России, председатель Совета Муфтиев России, Нафигулла Аширов – председатель Духовного управления мусульман Азиатской части России, Шамиль Аляутдинов – имам Московской мемориальной мечети, заместитель председателя ДУМЕР. Одновременно
