По закону 1773 г. ислам в границах империи постулировался как «терпимая» религия. Такой статус предоставлял определенные льготы: мусульмане получили возможность открыто исповедовать свою веру, строить новые каменные мечети в городах и др. По указу Екатерины II от 22 сентября 1788 г. было создано государственно-религиозное учреждение для мусульман – Уфимское духовное магометанское собрание (с 1796 г. – Оренбургское), с 1846 по 1917 г. – Оренбургское магометанское духовное собрание. Открыто оно было 4 декабря 1789 г. в Уфе (в 1796–1802 гг. – находилось в Оренбурге). По примеру православной иерархической структуры было создано государственно-религиозное учреждение, призванное контролировать умонастроения местных приверженцев ислама. Глава ОМДС (муфтий) и его члены, назначаемые правительством, как правило, из казанских татар, становились государственными служащими. То есть вслед за православием началось огосударствление ислама. Так было положено начало процессу интеграции мусульманского населения края в российскую государственно-правовую систему.
Долгосрочным результатом религиозных реформ Петра I и Екатерины II стало уменьшение роли религии в государстве и обществе. Появились и стали распространяться альтернативные идеологии: либерализм, социализм, национализм. Консервативное царское правительство сделало свой выбор в пользу национализма с сохранением элементов православия. К концу XIX в. подъем русского национализма вызвал среди российских мусульман (прежде всего урало-поволжских татар) реформаторскую и традиционалист-скую реакции. Традиционалистская реакция (кадимизм) выразилась в призыве консервативных мулл замкнуться в религиозной общине и игнорировать процессы российской модернизации. Реформаторское движение джадидистов началось среди тонкой прослойки национальной интеллигенции и прогрессивных мулл, которые стремились сохранить ислам как мировоззренческую систему: они пытались морально осовременить мусульманскую общину путем модернизации ее экономики, секуляризации культуры и организации общественно-политической жизни.
Одновременно российская модернизация усилила процессы маргинализации башкирского общества и пауперизации значительной части населения. Именно в этом сегменте общества был востребован ишанизм – деградировавший суфизм, потерявший философскую и этическую основы, но сохранивший наиболее профанные обряды и формы социальных взаимоотношений. «Ишанизм» был представлен в регионе традицией братства Накшбандийа-Муджаддидийа, отличительными особенностями которой было особое пристрастие к обрядности и ритуалу, преклонение перед догматами. Многие его шейхи кроме религиозной и преподавательской деятельности занимались предпринимательством, политикой, становились крупными землевладельцами. Из суфизма фактически была выхолощена суть – система нравственного самосовершенствования; осталась лишь обрядовая форма, превратившая ишанов в местных князьков.
Российская модернизация была нацелена,
