XIII в. цветущие земли Туркменистана разрушил Чингисхан. Многие поселения были уничтожены. Некоторые из них были восстановлены, но Ашгабат долгое время не отстраивался. В XVIII–XIX вв. крепость была восстановлена.
Хивинские историки Мунис и Агахи сообщают, что туркменский хан Мурад Сердар в 1818 г. набирал для своего отряда воинов из Ашгабата и Анау (ныне пригород Ашгабата) против хивинской армии. Ашгабат в то время был окружен крепостями и являлся местом, где собирались отряды туркмен-текинцев. В том же году сильный хивинский отряд под предводительством Хуббикули-ходжи, перебив множество людей, подверг опустошению Ашгабат. В 1853 г. иноземные войска под командованием принца Феридун-мирзы вступили на земли туркмен. Битва на подступах к Ашгабату продолжалась больше часа, но тут подоспел сам принц, и туркмены вынуждены были отступить. Пробыв в Ашгабате какое-то время, Феридун-мирза отдал приказ разрушить в Ашгабате и вокруг него 36 укреплений.
Но и после этого Ашгабат упоминается в источниках как населенный пункт. В 1856 г. туркмены Ашгабата выставили в битве против правителя Астрабада 10 тыс. всадников.
В 1871 г. российский исследователь И. И. Стебницкий в своих «Заметках о Туркмении» писал: «Асхабад… ведущий торговлю с Хивой и Персией, населением более нежели Карыз… жители большей половины укреплений занимаются хлебопашеством, а остальные, сверх того, еще садоводством… Есть в нем и укрепление; в Асхабаде… до 4000 кибиток».
В январе 1881 г., после того как царские войска заняли весь Ахал-Текинский оазис, на месте туркменского поселения-крепости было основано приграничное военное укрепление Асхабад, которое стало административным центром Закаспийской области Российской империи.
Крепость очень быстро преобразилась в оживленный город, и тому было несколько причин. Первая – положение на перекрестке давно проторенных караванами торговых путей: на юг – по Кучанской дороге (сейчас Гауданское шоссе), через ущелья Копетдага до границы с Персией – важным тогда торговым партнером России на Востоке. На север – через Каракумы в Хиву; на восток – через Тедженский и Мервский оазисы, через переправы на Амударье – в Бухару. Вторая – рельсовый путь, который через год дотянулся уже до Чарджоу, а еще через 10 лет до Кушки – границы с Афганистаном. Недаром в первоначальном проекте герба Асхабада предполагалось на щите под царской короной изобразить верблюжий караван и железнодорожный поезд. Третья причина стремительного подъема города – наличие пресной воды и строительных материалов (дерева, галечника и глины).
Едва наладилось движение по железной дороге, как в город из разных мест империи, особенно с Кавказа, хлынул пестрый людской поток в надежде на лучшую жизнь. Здесь оставались рабочие, солдаты, отслужившие срок повинности, отставные офицеры; оседали переселенцы из Персии, торговцы, ремесленники, земледельцы. Сюда бежали и персы-бахаисты, спасаясь от религиозных преследований.
Через 10 лет в городе уже насчитывалось около 13 тыс. жителей.
