перед Владимирской иконой Божией Матери, жребий с именем новоизбранного Патриарха Всероссийского Тихона.
Восстановление патриаршества явилось исполнением заветного желания архимандрита Илариона. По свидетельству одного из современников, после избрания святителя Тихона отец Иларион не смог сдержать радостных слез во время торжественного крестного хода, в котором участвовал новоизбранный патриарх.
Зиму 1918–1919 годов архимандрит Иларион посвятил лекциям в Духовной академии и службам в московских храмах с обязательной проповедью, а также занятиям в комиссии по устройству мировой конференции христианства. После перевода из лавры в Москву отец Иларион поселился на Сретенке у своего друга, профессора Московской духовной академии протоиерея Владимира Страхова, служившего в храме Троицы в Листах.
С приходом к власти большевиков сразу же начались гонения на Церковь. И отец Иларион сделался посредником между патриархом и государством, верной опорой Святейшему Тихону в отстаивании интересов Церкви. Архимандрит Иларион занял при патриархе должность секретаря и главного консультанта по богословским вопросам, за которой на деле стояла роль человека, во всех контактах с советской властью заслонявшего собой патриарха…
10 марта 1919 года архимандрит Иларион был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. Своим близким он писал из тюрьмы со свойственным ему оптимизмом:
«Завтра исполнится два месяца, как я арестант, и продолжаю состоять таковым, а сколько мне остается быть таковым – не знаю. Вызывали меня к следователю. “Дело” мое и следователю показалось смешным, и вины он никакой не нашел. “Завтра, – говорит, – об этом доложу в коллегии”. Увы! После допроса прошло 16 дней, а я ничего о себе не знаю. Вопрос “почему?” в нашей славной республике вообще ведь неуместен.
Живу я по-прежнему хорошо: совсем здесь обжился, будто так и нужно. Здесь я даже поправился, потолстел, физически чувствую себя совсем хорошо. Чтобы усилить циркуляцию крови – начал ходить на работу, например выкачивать воду из тюремных подвалов. Хорошо, что несколько часов проведешь на воздухе и немного мускулы разовьешь. За работу еще фунт хлеба прибавляют. Питаюсь по настоящему времени прекрасно. Время идет незаметно; даже досадно, что, например, книги медленно читаются. Жизнь идет размеренная, правильная. Будь все это где-нибудь в хорошей местности, прямо санаторий. Весна что-то плохо о себе заявляет в природе, а потому как-то не обидно быть за стенами и решетками… Сейчас в камере собралось у нас три профессора. Читаем время от времени лекции: прошли курс стенографии. Прямо считаю нужным сказать, что эти два месяца прожил я и не без пользы, и даже интереснее, чем жил бы вне тюрьмы».
Первое его тюремное заключение продолжалось около трех месяцев.
В день памяти святителя Ермогена, 12 (25) мая 1920 года, в храме Троицкого патриаршего подворья архимандрит Иларион был хиротонисан патриархом Тихоном во епископа
