1757 году она с окружавшими ее сановниками пришла к убеждению в необходимости передать управление церковными имуществами в светские руки. Петр III приказал исполнить предначертание Елизаветы и передать управление церковными имуществами коллегии экономии. Описи монастырских имуществ производились крайне грубо. При вступлении Екатерины II на престол архиереи подали ей жалобы и просили о возвращении им управления. Екатерина II по совету Бестужева-Рюмина удовлетворила их желание, отменила коллегию экономии, но не оставила своего намерения, а только отложила его исполнение. Она тогда же распорядилась, чтобы комиссия 1757 года возобновила свои занятия. Приказано было произвести новые описи монастырским и церковным имуществам. Но и новыми описями духовенство было недовольно; против них особенно восстал митрополит Ростовский Арсений Мацеевич. В донесении к Синоду он выражался резко, произвольно толкуя церковно-исторические факты, даже искажая их, делая оскорбительные для императрицы сравнения. Синод представил дело императрице, в надежде, что она и на этот раз выкажет свою обычную мягкость. Надежда не оправдалась, донесение Арсения вызвало такое раздражение в Екатерине, какого не замечали в ней ни прежде, ни после. Она не могла простить Арсению сравнение ее с Юлианом Отступником и Иудой, желание выставить ее нарушительницей своего слова. Арсений был приговорен к ссылке в Архангельскую епархию, в Николаевский Корельский монастырь, а затем, вследствие новых обвинений, – к лишению монашеского сана и пожизненному заточению в Ревеле.
Как бы в отместку умершей Елизавете Петровне и ее фавориту графу Алексею Григорьевичу Разумовскому, 10 ноября 1764 года Екатерина II сместила его младшего брата Кирилла с должности гетмана на Украине. Вместо упраздненного гетманства была учреждена Малороссийская коллегия во главе с графом П.А. Румянцевым.
Увеличение числа крепостных крестьян посредством громадных раздач фаворитам и сановникам населенных имений, утверждение крепостного права в Малороссии всецело ложатся темным пятном на память Екатерины II. Не следует, однако, упускать из виду, что малоразвитость русского общества сказывалась в то время на каждом шагу. Так, когда государыня задумала отменить пытку и предложила эту меру Сенату, сенаторы высказали опасение, что в случае отмены пытки никто, ложась спать, не будет уверен, жив ли он встанет поутру. Поэтому, не уничтожая пытки гласно, Екатерина разослала секретное предписание, чтобы в делах, где употреблялась пытка, судьи основывали бы свои действия на X главе «Наказа», в которой пытка осуждена как дело жестокое и крайне глупое.
В начале царствования Екатерины II возобновилась попытка создать учреждение, напоминавшее Верховный тайный совет, но в новой форме, под именем постоянного совета императрицы. Сочинителем проекта был граф Панин. Генерал-фельдцейхмейстер Вильбуа написал императрице: «Я не знаю, кто составитель этого проекта, но мне кажется, как будто он под видом защиты монархии тонким образом более
