Ленинградской парторганизации Центральному Комитету, а также в попытке создать Компартию России и тем самым расколоть КПСС. Одновременно попали в опалу и покровители ленинградского руководства. В январе 1949 года Кузнецов, а в марте Родионов и Вознесенский лишились своих постов.
В постановлении Политбюро ЦК ВКП(б) от 15 февраля 1949 года говорилось о тесных связях руководства Ленинграда с работавшими в этом городе прежде Н.А.Вознесенским и А.А.Кузнецовым. Упоминалась и просьба Попкова о том, чтобы Вознесенский и Кузнецов «шефствовали» над городом, причем эта просьба сравнивалась с временами, когда «Зиновьев… пытался превратить Ленинградскую партийную организацию в опору своей антиленинской фракции».
К делу «ленинградской фракции был также привлечен второй секретарь Ленинградского горкома Я.Ф.Капустин, которого объявили «английским шпионом». Ему припомнили, что в 1935 году он проходил длительную стажировку в Англии, в Манчестере, на заводах Метрополитен-Виккерс, и имел любовную связь с англичанкой-переводчицей, предлагавшей ему остаться в Англии. Однажды муж англичанки, внезапно вернувшийся домой, застал жену и Якова Федоровича в костюмах Адама и Евы. Разразился скандал, который стал предметом разбирательства партийной организацией советского торгпредства в Лондоне. После ареста Капустина этот эпизод был расценен «как сигнал возможной обработки Капустина английской разведкой». Абакумов обвинил начальника ленинградского управления МГБ генерал-лейтенанта П.Н. Курбаткина в попытке замять это дело.
Курбаткин был арестован и впоследствии расстрелян. Здесь стоит отметить, что в 1939 году он сам был организатором убийства находившихся в заключении видных в прошлом троцкистов К.Б. Радека и Г.Я. Сокольникова, но это убийство ему не инкриминировали, поскольку действовал он тогда по приказу Сталина и Берии.
Другого обвиняемого – бывшего председателя Ленинградского облисполкома, назначенного первым секретарем Крымского обкома ВКП(б), Н.В.Соловьева объявили «махровым великодержавным шовинистом» за предложение создать Бюро ЦК по РСФСР и учредить компартию РСФСР. Его обвиняли также в том, что, «находясь на работе в Крыму, делал резкие вражеские выпады против главы Советского государства».
Вскоре последовали аресты и главных фигурантов дела. 13 августа 1949 года при выходе из кабинета Маленкова были арестованы Кузнецов, Попков, Родионов, а также председатель Ленинградского исполкома горсовета П.Г. Лазутин и бывший председатель Ленинградского облисполкома Н.В.Соловьев.
Вознесенскому предъявили обвинения в умышленном занижении государственных планов, в искажении и фальсификации статистической отчетности, а также в утрате секретных документов в аппарате Госплана. 9 сентября 1949 года Шкирятов передал Маленкову предложение Комитета партийного контроля исключить Вознесенского из партии и привлечь к суду за утрату секретных
