style="font-size:15px;"> Испанский монарх, и раньше не питавший особых чувств к сыну, теперь нашел удобный момент для лишения Карлоса титула королевского наследника. Столь серьезное решение должны были поддержать и государственные советники, которых монарх созвал к себе с тем, чтобы решить вместе с ними дальнейшую судьбу сына. Филипп II сообщал, что более не намерен терпеть выходки своего ребенка, в судьбе которого он старался принимать самое активное участие, и просил Совет дать согласие на арест наследника. Однако ждать ответа советников монарх не стал.
Он сразу же заточил принца под стражу, а спустя несколько дней отправил его в тюрьму. Там Карлосу не позволяли никаких излишеств, и даже когда королева Изабелла решила навестить своего пасынка, ей категорически запретили это сделать. Безутешный инфант перестал есть, отказался от одежды и глотал лед, что привело к болезненной лихорадке.
Несколько дней врачи пытались его вылечить, однако никакие лекарства принцу не помогали. Ему становилось хуже, пока, наконец, придворный врач не сообщил монарху, что Карлос, возможно, доживает свои последние дни. Такой поворот событий был весьма выгоден королю, и он велел лекарю не предпринимать никаких действий, чтобы вдруг не вылечить умирающего наследника. А тому с каждым днем становилось все хуже. Когда о начавшейся агонии доложили Филиппу, тот решил в последний раз навестить сына. Однако Карлос уже никого не узнавал. Он умер на рассвете 24 июня 1568 года.
Его похоронили со всеми почестями в одной из мадридских церквей, а спустя несколько месяцев умерла и его бывшая невеста, третья жена короля Филиппа, Изабелла. Считается, что причиной ее смерти была внезапная потеря ребенка, которого королева носила под сердцем несколько месяцев, и последовавшее за этим заражение крови.
Наследников у монарха не оставалось, поэтому он решился на четвертый брак. Следующей его женой, по воле судьбы, снова стала невеста сына, Анна Австрийская, с которой Филипп II был обвенчан в 1570 году и которая подарила уже немолодому супругу сына, ставшего впоследствии испанским королем Филиппом III.
В 1598 году Филипп II направился из Мадрида в Эскориал. Он хотел провести там последние дни своей жизни. Сломленный тяжелой болезнью, немощный старик пробыл там совсем недолго: 13 сентября того же года король Испании, правивший страной более сорока лет, скончался.
Неизвестные и непонятные детали всей истории, связанные с доном Карлосом и иноземной принцессой Изабеллой, продолжают вызывать многочисленные споры в кругу историков. Предполагают, что Изабелла была отравлена, а Карлос якобы даже насильственно убит. На последнее указывает свидетельство герцога Сен-Симона, который спустя много лет вскрыл могилу принца и с удивлением обнаружил, что голова наследника была отрезана. Через несколько веков, когда Наполеон, пожелав разгадать тайну мадридского двора, решил повторно вскрыть гробницу дона Карлоса, он увидел, что останки инфанта были залиты известковым раствором и доказать слова Сен-Симона уже не представлялось возможным.
