Albrecht 1394 stark genug, als erster Habsburger nach mehr als einem halben Jahrhundert wieder nach der Reichskrone zu greifen. Die offenkundige Schwäche des Luxemburgers Wenzel schien wie eine Einladung. Doch die rheinischen Kurfürsten waren nicht gewillt, das Königtum Wenzels gegen das eines Habsburgers einzutauschen, und stützten den König vorläufig noch. Herzog Albrecht III. stand mitten in den Rüstungen für den Entscheidungskampf um die römisch-deutsche Krone, als ihn am 29. August 1395 der Tod ereilte.
Die folgenden zwei Jahrzehnte waren gekennzeichnet von immer erbitterter geführten innerdynastischen Kämpfen. Noch hatte es eine Zeitlang den Anschein, als würde das Seniorats- gegenüber dem Teilungsprinzip die Oberhand behalten. Es gelang nämlich Wilhelm, dem ältesten Sohn Herzog Leopolds und Senior des Gesamthauses, entgegen den Bestimmungen des Neuberger Vertrages am 22. November 1395 seinem Cousin Albrecht IV. die Mitregentschaft im Herzogtum Österreich abzutrotzen. Doch letztlich scheiterte Wilhelm an den eigenen jüngeren Brüdern Leopold, Friedrich und Ernst. Als Wilhelm, der im Herzogtum Österreich nach dem Tod Albrechts IV. als Vormund von dessen Sohn Albrecht V. zuletzt alleine regiert hatte, im Jahre 1406 starb, traten die habsburgischen Länder in eine Phase hässlichster innerer Zerfleischung ein. Im Untergrund schwelende soziale Konflikte wurden in diesen Jahren an die Oberfläche gespült und führten insbesondere in Wien zu heftigen Ausbrüchen. Schon im Herbst 1395 hatten die Wiener Handwerker Wilhelm zum Sieg über seinen Cousin Albrecht IV. verholfen. Der Leopoldiner dankte es ihnen durch eine Reform der Stadtverfassung, welche der Vorherrschaft des erbbürgerlichen Patriziats ein Ende setzte. 1407/08 wiederholten sich die Frontstellungen, auf der einen Seite die Handwerker, die für Leopold IV. eintraten, auf der anderen der für Ernst votierende, patrizisch dominierte Stadtrat. Dieses Mal war der Ausgang blutig. Fünf Handwerker wurden auf Befehl des Wiener Bürgermeisters Konrad Vorlauf hingerichtet, ehe diesen nach einem brüsken Umsturz der Machtverhältnisse auf Anordnung Herzog Leopolds das gleiche Schicksal ereilte.
Das Eingreifen des ungarischen und römisch-deutschen Königs Sigismund beendete die innerdynastischen Auseinandersetzungen. Seit 1411 gab es drei einigermaßen stabile habsburgische Länderblöcke. Im Herzogtum Österreich regierte Albrecht V., die innerösterreichische Ländertrias Steiermark, Kärnten und Krain lag in den Händen Herzog Ernsts, und dessen jüngerer Bruder Friedrich IV. beherrschte Tirol und die Vorlande. Während Herzog Albrecht ganz eigene Wege ging, blieben die Verbindungen zwischen den beiden Leopoldinern Ernst und Friedrich enger. Man stimmte in wichtigen Fragen überein, und nicht zuletzt teilten die Brüder die politische Gegnerschaft zum Luxemburger Sigismund. Dessen Intervention in die habsburgischen Familienkonflikte hatte Ernst nur mit Mühe verwunden, und er begegnete dem Reichsoberhaupt zeitlebens mit allergrößtem Misstrauen. Der Gegensatz zu Sigismund veranlasste ihn auf der Suche nach Verbündeten 1412 zu einer Ehe mit Cimburgis von Masowien, einer Nichte des polnischen Königs Wladislaw II. Jagiełło, die ihm den späteren Kaiser Friedrich III. gebar. Besonderes Konfliktpotential zwischen König Sigismund und Herzog Ernst ergab sich durch den Aufstieg der Grafen von Cilli. Die intensive Förderung, welche der römisch-deutsche König dem in den innerösterreichischen Ländern reich begüterten Grafenhaus angedeihen ließ, empfand Ernst als Bedrohung seiner landesfürstlichen Stellung. Tatsächlich nutzte Sigismund alle ihm als Reichsoberhaupt zu Gebote stehenden Mittel, um die Cillier aus der habsburgischen Landesherrschaft herauszulösen. 1423 musste Ernst auf die Lehenshoheit über die Grafen verzichten. Das habsburgische Landesfürstentum war in den innerösterreichischen Ländern massiv unter Druck geraten, obgleich Ernst sich nach Kräften um Schadensbegrenzung bemühte.
Um vieles dramatischer noch als im Falle Herzog Ernsts verlief die Auseinandersetzung zwischen dem Reichsoberhaupt und dem Tiroler Landesfürsten Herzog Friedrich IV. Durch ungeschicktes Verhalten – Friedrich ermöglichte dem Pisaner Papst Johannes XXIII. auf dem Konstanzer Konzil zum Ärgernis des Reichsoberhaupts die Flucht aus der Konzilsstadt ins österreichische Schaffhausen – war dieser in schärfsten Gegensatz zu Sigismund geraten, der über ihn am 30. März 1415 die Reichsacht verhängte und ihn seiner Länder für verlustig erklärte. Als Gefangener in Konstanz sah sich Herzog Friedrich vor den Ruinen seiner Herrschaft. Während die sofort zur Exekution der Reichsacht herbeigeeilten Eidgenossen die aargauischen Stammgüter der Habsburger besetzten, griff Herzog Ernst zum Schutz der habsburgischen Interessen in Tirol ein, wo der Zerfall des Landes in einzelne reichsunmittelbare Adelsherrschaften drohte. Mehr als ein Jahrzehnt sollte Friedrich IV. um die Wiederherstellung seiner landesfürstlichen Stellung in Tirol kämpfen müssen. Seine Kontrahenten aus dem Tiroler Adel, unter ihnen der berühmte Dichter Oswald von Wolkenstein, sympathisierten mit dem römisch-deutschen König, suchten und fanden bei diesem Rückhalt gegen ihren Landesfürsten. Noch einmal verhängte König Sigismund 1423 die Acht über Friedrich. Erst nach dieser Krise, die die letzte für das Tiroler Landesfürstentum Friedrichs war, besserten sich die Beziehungen zwischen dem Habsburger und dem Reichsoberhaupt.
Im Gegensatz zu den Leopoldinern Ernst und Friedrich hatte Albrecht V. seit 1411 den engen politischen Anschluss an König Sigismund gesucht. Der Luxemburger verlobte den 14jährigen Habsburger schon am 7. Oktober 1411 in Pressburg mit seiner erst zweijährigen Tochter Elisabeth. Am 26. April 1422 fand in Wien die Hochzeit statt, die Albrecht zum Erben des Hauses Luxemburg machen sollte. Die Aussicht auf das luxemburgische Erbe band Herzog Albrecht V. in der Folge denn auch auf das engste an Sigismund, dessen einziger wirklich verlässlicher Bündnispartner er war. Zu einer schweren Hypothek von Albrechts Herrschaft im Herzogtum Österreich wurde der seit 1419 von König Sigismund geführte Kampf gegen den Hussitismus in den böhmischen Ländern, in den sich Albrecht V. tief verstrickte. Als Pfandherr, dann Statthalter und zuletzt seit 1423 förmlich belehnter Markgraf von Mähren stand der österreichische Herzog an vorderster Front gegen die »böhmischen Ketzer«, die seit 1425 ihrerseits in die Offensive gingen und die nördlich der Donau gelegenen Gebiete Nieder- und Oberösterreichs bis 1432 fast jährlich mit Krieg überzogen. Um der hussitischen Einfälle Herr zu werden, erließ Albrecht mehrere Aufgebotsordnungen, die eine Rekrutierung von Bauern und die Nachahmung der bewährten hussitischen Kampftechniken zum Ziel hatten. Erfolge sind dieser Reform der Landesverteidigung nicht abzusprechen. Ein durch Bauern verstärktes Aufgebot fügte den Hussiten im Oktober 1431 im nördlichen Niederösterreich bei Waidhofen an der Thaya erstmals eine vernichtende Niederlage zu.
Der Krieg gegen die Hussiten hatte für Albrecht neben der Allianzverpflichtung gegenüber dem Schwiegervater auch eine starke kirchenpolitisch-religiöse Komponente. In der Person des Habsburgers verbanden sich realpolitischer Sinn und echte Frömmigkeit zu einer rigiden Landeskirchenpolitik. Albrecht fühlte sich für den Zustand des Klerus verantwortlich, und maßgebliche Theologen bestärkten ihn auch in dieser Anschauung. Noch bevor das Konstanzer Konzil entsprechende Dekrete erlassen hatte, nahm er die Reform der österreichischen Klöster in die Hand. Der renommierte Wiener Universitätslehrer Nikolaus von Dinkelsbühl lieferte die reformtheoretischen Konzepte, und Albrecht sorgte für deren Durchsetzung mittels landesfürstlicher Klostervisitationen, zu welchen Papst Martin V. den österreichischen Herzog im Jahre 1418 ausdrücklich ermächtigte. Als »Melker Reform« hat diese von Herzog Albrecht angestoßene monastische Reformbewegung, der viele österreichische Klöster im 15. Jahrhundert eine kulturelle Blüte und wirtschaftliche Gesundung verdanken, überregionale Geltung erlangt.
Überschattet wird die Regierungstätigkeit Albrechts V. durch die auf Befehl des Herzogs mit äußerster Grausamkeit ins Werk gesetzte Vernichtung der österreichischen Judengemeinden in den Jahren 1420/21 (Wiener Gesera). Man beschuldigte die Juden, mit den Hussiten gemeinsame Sache gemacht zu haben, später wurde, wahrscheinlich um die Brutalität des herzoglichen Vorgehens zu rechtfertigen, auch der Vorwurf der Hostienschändung erhoben. Verfolgung, Güterkonfiskationen und Vertreibungen hielten fast ein Jahr an. Zuletzt gingen am 12. März 1421 die in Wien noch verbliebenen Juden – es sollen mehr als 200 Männer und Frauen gewesen sein – in den Feuertod. Danach bestanden jüdische Gemeinden nur noch in der Steiermark und in Kärnten bis ans Ende des Mittelalters. Die Ausweisung der dort ansässigen Juden ließ sich Maximilian I. im Jahre 1496 von den Ständen der beiden Länder durch beträchtliche Zahlungen abkaufen.
Trotz einer im Zeitalter der habsburgischen Teilungen sehr unterschiedlichen äußeren Geschichte weisen
