XVI века. В более поздние годы царствования Сулеймана набор архитектурных и декоративных приемов, с которым экспериментировал Синаи, стал более ограниченным.
В 1553 году был казнен старший сын Сулеймана, принц Мустафа, в то время ему было уже под сорок. Первым султаном, казнившим своего взрослого сына, был правивший в конце XIV столетия Мурад I, который добился, чтобы непокорного Савджи предали смерти. Официальной причиной казни Мустафы было объявлено то, что он планировал узурпировать трон, но, как и в случае с казнью султанского фаворита, Ибрагима-паши, вина была возложена на Хюррем Султан, ее подозревали в коварстве по отношению к своему зятю и союзнику, великому визирю Рустем-паше. Нетрудно представить себе, как Хюррем Султан пускается во все тяжкие, чтобы сделать своего собственного сына наследником трона отца и, возможно, способствует тому, чтобы стареющий султан заподозрил Мустафу, который был весьма популярной фигурой, в том, что тот хочет заставить его покинуть трон, как это сделал отец Сулеймана, Селим I с дедом Сулеймана, Баязидом II. После случившейся несколькими годами ранее смерти принца Мехмеда регулярная армия действительно считала необходимым удалить Сулеймана от дел и изолировать его в находившейся южнее Эдирне резиденции Дидимотихон, по прямой аналогии с тем, как это случилось с Баязидом II. Независимо от того, какими были подлинные намерения Мустафы, Сулейман смог осуществить скорую расправу над ним без каких-либо угрызений совести, так как у него были другие сыновья, ни один из которых не обладал явным правом наследования трона. Мустафа был погребен в Бурсе и, чтобы успокоить тех многих, кто был недоволен столь безапелляционными действиями Сулеймана, он временно отстранил от дел Рустем-пашу. Вскоре, во время военной кампании против Ирана, в Алеппо умер принц Джихангир – искалеченный брат, особенно привязанный к Мустафе. Мечеть, которую Сулейман для него построил, хорошо видна из дворца. После последней реконструкции, проведенной в конце XIX века султаном Абдул-Хамидом II, ее внешний вид значительно изменился, но она все еще возвышается на склоне холма, в квартале Джихангир, расположенном напротив той стороны бухты, где находятся старые кварталы Стамбула.
Насильственная смерть Мустафы не положила конец неурядицам в семье Сулеймана, поскольку, как это уже случалось прежде, вместо него появился самозванец, «Лже»-Мустафа, который возглавил мятеж на Балканах. В своем датированном июлем 1556 года письме из Стамбула посол Фердинанда, барон Огиер Гизлен де Бус-бек (принимавший участие в длительных переговорах о мире в Венгрии) сообщал о том, что сын Сулеймана и Хюррем, ее любимец, принц Баязид, подозревается в том, что он спровоцировал этот мятеж. «Лже»-Мустафа и его сторонники были схвачены и доставлены в Стамбул, где их, по указанию султана, предали смерти. Хюррем Султан удалось предотвратить последствия предполагаемой причастности Баязида, но в 1558 году она умерла. Без ее сдерживающего влияния разразился открытый конфликт между
