Сафавидов на некоторое время затихли, «ересь» кызылбашей перестала быть проблемой, которая требовала применения военной силы против своего соседа, и постепенно стала рассматриваться как исключительно внутренний вопрос. После окончания проведенной Сулейманом в 1533–1535 годах восточной кампании имела место значительная миграция кызылбашей в Иран, а те из них, кто остался в пределах Османской империи, подверглись преследованиям. Фетва шейхульислама Абуссууда, который с 1545 по 1547 год был преемником Кемальпашазаде, утверждала, что они являлись отступниками. Каноническим наказанием за это была смерть. Между прочим, среди тех, кто поддержал фетву, данную Кемальпашазаде в отношении проповедей Мушаки, был и Абуссууд-эфенди. В своем стремлении навязать официально принятую форму ислама правящие круги Османской империи не щадили своих инакомыслящих.
В ранний период своего правления султан Сулейман полагался исключительно на советы Ибрагима-паши и Хюррем Султан. После казни Ибрагима-паши Хюррем по-прежнему оставалась ближайшим доверенным лицом своего мужа. Таким же доверенным лицом стала и их дочь, Михримах, являвшаяся супругой Рустем-паши, который с 1544 по 1561 год почти непрерывно занимал пост великого визиря. Благодаря тому, что Рустем-паша был зятем султана, он получил огромную власть, но и нажил множество врагов. Он лучше, чем Ибрагим-паша, понимал придворные обязанности, и хотя он, как и Хюррем, был причастен к тому, что принц Мустафа был казнен, это стоило ему лишь кратковременного отстранения от своих обязанностей, что было сделано для того, чтобы утихомирить сторонников покойного принца. Вскоре он был восстановлен в должности. Рустем-паша еще больше укрепил свой авторитет тем, что умело манипулируя монетной системой, зерновым рынком и продавая должности, увеличивал доходы государства. Он скопил огромное личное состояние, и, согласно утверждениям современников, в период его пребывания в должности взяточничество стало нормой. Когда Рустем умер, его похоронили в храмовом комплексе Шехзаде, построенном в память о сыне Сулеймана Мехмеде, что было явным признанием того высокого мнения, какого был о нем Сулейман.
Являясь богатым человеком, Рустем-паша мог позволить себе стать щедрым попечителем. Он финансировал строительство многих мечетей и других зданий как религиозного, так и светского назначения, которые возводились в различных регионах империи. Для этого он обычно нанимал талантливого архитектора Синана, который с 1538 года стал главным имперским зодчим. Собственная мечеть Рустема находится в Эминёню – главном портовом районе Стамбула, расположенном в бухте Золотой Рог. Поскольку стоимость земли и арендная плата были слишком высокими, было решено снести стоявшую там мечеть, в которую была перестроена христианская церковь. Замысел Синана состоял в том, чтобы построить мечеть Рустема над цокольным этажом с торговыми лавками. На некотором удалении, на склоне холма, возвышавшегося над портом, построили религиозную школу при мечети, а
