Había entonces un cierto caos en el mundo universitario y, en particular, en el de estas enseñanzas médicas. En 1871, en un informe del ministro de Fomento, se hablaba de que la Facultad de Medicina se hallaba en «estado anómalo», lo que ocasionaba «frecuentes disgustos, conflictos y dificultades» (Albarracín, 1998: 43). Este estado de cosas empezaría a cambiar con la Restauración, pero, entre tanto, el joven estudiante valenciano braceó como mejor supo en su nueva escuela para mantenerse a flote en medio de aquella agitación.
Su traslado a Madrid parece haber ido unido a la obtención de la matrícula extraordinaria para agilizar el término de su carrera. Ello le permitió aprobar su asignatura quirúrgica pendiente en una facultad que trataba de encontrar una estructura satisfactoria para la alta misión que había de cumplir, que era formar a buenos médicos.
La caída de Isabel II había traído, entre otras consecuencias, un sinnúmero de reformas y cambios en muchos órdenes de la vida, entre ellos en el de la universidad. Se quería olvidar la reglamentación anterior. La mentalidad progresista quería suprimir barreras y limitaciones administrativas. Entre las nuevas medidas adoptadas se incluyó la de que se diera autorización para establecer nuevas escuelas de medicina, como corolario de la doctrina de libertad en la enseñanza cuya primacía se admitía sin discusión. «Sirviendo la enseñanza para propagar la verdad, cultivar la inteligencia y corregir las costumbres, es absurdo encerrarla dentro de los estrechos límites de los establecimientos públicos». Así decía un decreto que hizo publicar el ministro radical Manuel Ruiz Zorrilla el 27 de octubre de 1868. A partir de ese momento la libertad de enseñanza iba a crear mil confusiones y problemas.
El cambio político afectó ampliamente al mundo del profesorado. Así, una serie de profesores supuestamente «reaccionarios» fueron destituidos, al tiempo que se nombró a otros nuevos. En el caso de Medicina, se eligió a una serie de profesionales entre los médicos del Hospital y aquellos que «daban repasos libres (como Pedro González de Velasco)» (Albarracín, 1998: 43). También se crearon nuevas escuelas cuyos títulos fueron ahora reconocidos. Una fue la Escuela Libre Teórico-Práctica de Medicina y Cirugía, creada por los facultativos de la Beneficencia provincial madrileña, en donde intervino Ezequiel Martín de Pedro; otra fue la Escuela Práctica Libre de Medicina y Cirugía, de Pedro González de Velasco. Esta última se convirtió pronto en un centro con considerable relevancia en el ámbito científico. En ella colaboraron figuras como el clínico Carlos María Cortezo y el paleontólogo Juan Vilanova, entre otros, y consiguió dar a la luz una importante publicación, El Anfiteatro Anatómico Español, entre los años 1873 y 1880 (Velasco, 1998). Estuvo establecida en el Museo Antropológico, que había fundado y dirigía el propio González de Velasco en Madrid. Este era persona internacionalmente conocida en el campo de la antropología, bien relacionado con investigadores como el francés Paul Broca, descubridor del centro cerebral del lenguaje motor, localizado en el «área de Broca», así llamada en su honor. Sus relaciones le habían permitido familiarizarse con el estado de las enseñanzas médicas en varias naciones europeas, y se esforzó por establecer una enseñanza clínica rigurosa y moderna, vinculada directamente con la investigación. Con esta mantendrá Simarro estrechas relaciones al establecerse en la capital.
En 1874, superado al fin el conjunto total de asignaturas que formaban la licenciatura, se convirtió en licenciado en Medicina. Pero sus intereses teóricos no podían sentirse satisfechos sin redondear el esfuerzo con la obtención del doctorado, máximo nivel de los estudios, cuya concesión estaba entonces reservada a la Universidad de Madrid o Universidad Central, como entonces se la llamaba. Y, de hecho, al año siguiente lo dejó todo resuelto sin dificultad, como ahora veremos.
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