in Sicherheit. Michael entschließt sich, anstelle mit ihnen und seinem Bruder in Sicherheit zu gehen für einen Rachefeldzug gegen Gretchen, um sie zu jagen und zur Strecke zu bringen.
Vierte Staffel
Vor Beginn der vierten Staffel hat Michael Scofield Gretchen und Whistler bis nach Los Angeles verfolgt. Michael ertappt die beiden, als diese dabei sind, eine Speicherkarte mit dem Namen Scylla zu stehlen. Als Michael sich an Gretchen wegen Saras Tod rächen will, erfährt er, dass Sara noch am Leben ist. Whistler kopiert die Karte ohne Gretchens Wissen, weshalb diese von Wyatt, einem Mitglied der Company, scheinbar liquidiert wird. Whistler selbst wird wenig später von Wyatt erschossen.
Nach einem Gefangenenaufstand in Sona gelingt Sucre und Bellick die Flucht. Im Auftrag des Homeland-Security-Agenten Donald Self sollen Michael, Sara, Lincoln, Mahone, Sucre, Bellick und der Hacker Roland Scylla finden. Anderenfalls sollen sie inhaftiert werden. Es gelingt ihnen, den Inhalt einer Speicherkarte, die sich in einem hochgesicherten Penthouse befindet, zu kopieren und auszulesen. Allerdings stellt Roland fest, dass deren Inhalt nur ein Teil des gesamten Archivs ist und es noch fünf weitere Karten zu finden gilt. Scofield filmt sämtliche Card-Holder bei einem geheimen Treffen. T-Bag versucht währenddessen ebenfalls, Scylla mit Hilfe von Whistlers Vogelbuch zu finden. Dieses hat er beim Ausbruch aus Sona dort verloren und beinhaltet kryptische Anleitungen. Bei der Gate Corporation tritt er anstelle des toten Whistler als Cole Pfeiffer auf, wo er herzlich vom Chef empfangen wird und ein eigenes Büro erhält.
Roland hat ein Gerät entwickelt, das automatisch Datenträger in unmittelbarer Nähe ausliest. Die Daten der zweiten Karte erhält die Gruppe von einer Begleiterin eines türkischen Diplomaten bei einem öffentlichen Auftritt. Durch einen Tresor im Finanzministerium erhalten sie die Daten der dritten Karte, wobei sie sich als Putzmannschaft tarnen. Xing, ein Handelspartner Whistlers, taucht auf und droht T-Bag zu töten, sofern er nicht innerhalb von kurzer Zeit Scylla beschafft. Inzwischen schafft es die Gruppe auch, die vierte Karte zu kopieren. Jedoch wird Mahone dabei verhaftet und ins Polizeirevier gebracht. Dadurch, dass Mahone von der Gruppe während der Vorladung befreit wird, kann er knapp dem Killer Wyatt entkommen.
Gretchen, die noch lebt, kann aus der Gefangenschaft der Company flüchten. Sie spürt T-Bag in seinem Haus auf und zwingt ihn zu einer Zusammenarbeit. Er lockt Michael, Mahone und Bellick erfolgreich in eine Falle, Mahone kann jedoch entkommen und benachrichtigt Agent Self. Michael hingegen kann unter Zwang den nächsten Hinweis aus dem Vogelbuch entschlüsseln. Sie müssen in das Hinterzimmer von Bagwells Büros, wo sich der Einstieg zu einem geheimen Raum befindet, durch den man zu Scylla gelangen kann. Mahone erhält einen Hinweis, so dass T-Bag überwältigt werden kann. Als Michael und Mahone zusammen mit Agent Self das Gebäude verlassen, werden sie von Gretchen angerufen und finden einen Umschlag mit einer weiteren Seite des Vogelbuches. Währenddessen sind Lincoln, Sucre, Roland, Bellick und Sara in Las Vegas, um dort den Inhalt der fünften Karte zu kopieren. Dies gelingt Sucre, aber Rolands Gerät wird von Sicherheitskräften beschlagnahmt, da Roland sich trotz eines Hausverbots im Casino aufhält. Durch den Verlust des Kopiergeräts planen Michael und seine Anhänger, die letzte fehlende Karte, die sich im Besitz von General Krantz befindet, zu stehlen. Roland nimmt währenddessen Kontakt zu Wyatt auf, um ihm den Aufenthaltsort von Scofield und seinen Anhängern zu verraten, wird aber anschließend von Wyatt getötet. Wyatt kann jedoch von Michael, Lincoln und Mahone überwältigt werden. Er wird später verhört, gefoltert und aus Rache für den Mord an seinem Sohn von Mahone getötet. General Krantz befiehlt währenddessen, Scylla zu verlegen. Scofield kann weitere Hinweise in dem Vogelbuch von Whistler entschlüsseln. Eine große Hauptleitung versperrt allerdings den Weg zu dem Geheimen Raum, in dem sich Scylla befindet. Indem sie die Wasserversorgung abdrehen, beidseitig ein Loch bohren und darin ein mehrtonniges Rohr als Brücke verwenden, finden sie einen Weg zu Scylla. Kurz bevor die Wasserversorgung eingeschaltet wird, rutscht jedoch das Rohr von einem Balken ab. Brad Bellick kann das Rohr im letzten Augenblick aufrichten, verstirbt jedoch, nachdem die Wasserversorgung wieder aktiviert und das Rohr durchflutet wird.
Scylla scheint nun in greifbarer Nähe, doch Gretchens Versuch, bei einem Rendezvous mit Krantz die sechste Karte zu stehlen, misslingt, sodass die anderen mit nur fünf Scylla-Karten versuchen müssen, an den Computer, mit dem man Scylla dekodieren kann, heranzukommen, bevor Scylla verlegt wird. Michael hat im Verlauf der Handlung Nasenbluten und Schwächeanfälle, was sich nach einer Analyse im Krankenhaus als ein Symptom eines Tumors erweist. Als T-Bag feststellt, dass seine Sekretärin zusammen mit Agent Self für das FBI arbeitet, wird das gesamte Stockwerk mit Waffengewalt Gretchens unterworfen. Zur selben Zeit gelingt es Michael und seiner Crew, unbemerkt an Scylla zu gelangen. Michael löst den Alarm des Sicherheitssystems aus, um der Company eine Falle zu stellen. Krantz fährt direkt aus seinem Büro mit dem Aufzug zu Scylla, um Michael zu stellen und zu töten. Er und seine Company-Agents können allerdings von Sucre und Burrows überwältigt und die Karte des Generals schließlich entwendet werden. Als Scylla in Selfs Händen ist, finden Michael und die anderen heraus, dass dieser nur an dem Erlös interessiert ist. Bei einem möglichen Verkauf, den Self in Kooperation mit Gretchen arrangiert hatte, stellt sich heraus, dass Michael ein Teil des Chips aus Sicherheitsgründen behalten hat. Selfs Erbeutungsversuch scheitert, doch in den verwendeten Rauchbomben befinden sich Kameras, wodurch er an das fehlende Stück kommt. Michael hingegen wird von dem General aufgespürt und in das Company-Gebäude gebracht. Dort wird er einer lebenswichtigen Operation unterzogen und sein Tumor entfernt. Anschließend erfährt er, dass seine Mutter namens Christina Rose Scofield noch lebt und für die Company arbeitet. Michael kann aus seiner Rekrutierungs-Kur zu einem Company Mitarbeiter flüchten. Im weiteren Verlauf gelangt Scylla in die Hände von Christina. Lincoln will für die Company Scylla wiederbeschaffen, im Gegenzug soll dafür den Familienmitgliedern aller Beteiligten nichts passieren, doch Michael will genau dies verhindern. Christina Scofield befiehlt einen Anschlag auf General Krantz, den er jedoch schwer verletzt überlebt. Es kommt zu einem geheimen Treffen zwischen Lincoln und Christina. Christina warnt Lincoln davor, nicht mehr zum jetzigen Treffpunkt zurückzukehren und abzuwarten bis Scylla verkauft ist. Schließlich kann Michael einen Forscher namens Sandinsky entführen, wird jedoch im letzten Augenblick von Christinas Leuten aufgehalten. Lincoln erscheint, kann Michael retten und nimmt Sandinsky mit zu seinem Versteck.
Michael kann seine eigene Mutter kidnappen, doch diese entkommt später wieder. Christina offenbart, dass nur Michael ihr richtiger Sohn sein soll - Lincoln dagegen sei adoptiert. Christina kann Michaels Vorgehensweise oftmals durchschauen, da sie ein ähnliches Genie zu sein scheint. So kann sie unter anderem an Saras Gesichtszüge deren Schwangerschaft ableiten. Christina gelangt wieder in den Besitz von Scylla und schafft es Lincoln und Michael den Mord durch ein Attentat auf den Sohn des indischen Premierministers anzuhängen. Christina will einen Krieg zwischen China und Indien anzetteln, bei dem sie die Waffentechniken Scyllas an beide Seiten verkaufen könnte. Schließlich kann Michael abermals an Scylla gelangen, doch bei der Flucht wird Lincoln von Christina gefangen genommen. Christina verwendet Lincoln als Druckmittel und droht ihn zu töten, falls Michael ihr nicht Scylla beschaffen sollte. General Krantz, der ebenfalls Scylla wiederhaben möchte, droht dagegen mit dem Tod von Sara und der Familienmitglieder von Self, Mahone und Burrows (als Beweis dafür, dass es der General wirklich ernst meint, wird Don Selfs im Rollstuhl sitzende Frau von einem Company Mitarbeiter erschossen). Michael und Mahone, die nun hin- und hergerissen sind, sind nun gezwungen zu handeln. Michael baut eine Scylla-Attrappe mit Sprengstoff, die Mahone zu Christina bringt. Eine leere Box versteckt Michael an einem von General Krantz vereinbarten Ort. Michael gelangt über die Außenfassade des Hotels in die Wohnung, in der sich nun nur T-Bag und Sara befinden. T-Bag ist inzwischen ein Anwärter eines Company-Agenten geworden und will Sara vergewaltigen. Michael schlägt T-Bag nieder und flieht anschließend mit Sara.
Lincoln, Mahone, Sara und Michael überlegen, was sie nun mit Scylla machen sollen, als sich der ehemalige Agent Kellerman bei ihnen über das Handy meldet. Es stellt sich heraus, dass er in der zweiten Staffel nicht getötet wurde und dass er sich ein neues Leben aufgebaut hat, um die Company endgültig zu vernichten. Die UN ist sichtlich
