Badger wird von der Polizei verhaftet, woraufhin Walter und Jesse den Strafverteidiger Saul Goodman engagieren, um nicht selbst aufzufliegen.
Weil Walter eine Verschlechterung seiner Gesundheit befürchtet, und er nur noch über wenige finanzielle Mittel verfügt, kocht er zusammen mit Jesse insgesamt über 40 Pfund Methamphetamin. Später erfährt er von seinem Arzt, dass sein Tumor um 80% geschrumpft sei, was für Erleichterung bei der Familie sorgt. Walter willigt trotz der hohen Kosten von 200.000 Dollar einer Operation ein, bei der sein Tumor vollständig entfernt werden soll.
Combo wird beim Dealen auf offener Straße von einem kleinen Jungen erschossen, den zwei rivalisierende Dealer beauftragt haben, woraufhin Skinny Pete aus dem Geschäft aussteigt. Saul arrangiert ein Treffen mit dem diskreten und sich umsichtig wie bedeckt verhaltenden Gustavo Fring, der an Walters Produkt interessiert ist. Walter nimmt eine kurzfristige Gelegenheit wahr, um die komplette Ware an ihn zu verkaufen, wodurch er jedoch die Geburt seiner Tochter verpasst.
Jesse kommt mit Jane zusammen. Als diese herausfindet, dass Jesse ein Drogendealer ist, gibt er dies auf ihre Bitte hin auf. Um Geld für ihr neues Leben zu bekommen, erpresst Jane Walter, der ihr notgedrungen Jesses Anteil gibt, den er aufgrund von dessen Drogenproblemen zurückhalten wollte.
Jane wird von ihrem Vater gezwungen, sich in Drogentherapie zu begeben. Jesse und Jane wollen daher verreisen und mit Jesses Geld ein neues Leben anfangen. Zuvor setzen sich beide jedoch noch einen „letzten“ Schuss Heroin. Jane erstickt noch in derselben Nacht an ihrem Erbrochenen, nachdem Walter sie beim Versuch, Jesse zu wecken, unbeabsichtigt auf den Rücken gedreht hat und es absichtlich unterlässt, ihr zu helfen.
Während Jesse eine Drogentherapie antritt, wird Walter operiert. Skyler erfährt währenddessen, dass Walter sie angelogen hat und etwas vor ihr verheimlicht. Jesses Vermieter ist durch den Tod seiner Tochter schwer angeschlagen und verschuldet bei seiner Arbeit als Fluglotse die Kollision von zwei Passagierflugzeugen über Albuquerque.
Staffel 3
Skyler möchte sich von Walter scheiden lassen, nachdem sie von seinen Drogengeschäften erfahren hat. Da beide sich einig sind, die wahren Hintergründe des Zerwürfnisses vor ihrem Sohn, aber auch vor Hank und Marie verbergen zu müssen, bleibt Skylers Verhalten für den Rest der Familie befremdend. Walter lehnt ein großzügiges Angebot von Gustavo ab und zieht sich zunächst aus dem Drogenmilieu zurück, damit er sich um seine Familie kümmern kann. Gegen Skylers Willen zieht er wieder zu Hause ein. Diese rächt sich, indem sie eine Affäre mit ihrem Chef beginnt.
Jesse verlässt die Reha-Einrichtung, nachdem er seine Drogensucht zunächst besiegt hat, und zieht wieder in sein ehemaliges Haus ein, das er über Saul als Mittelsmann seinen Eltern abkauft. Mit Walter zerstritten beschließt der wegen des Todes von Jane von Schuldgefühlen geplagte Jesse, auf eigene Faust im Wohnmobil Methamphetamin herzustellen.
Die beiden Cousins von Tuco lassen sich über die mexikanische Grenze nach Texas schmuggeln, wobei sie die sie begleitenden illegalen Einwanderer sowie den Fahrer brutal ermorden. Ihr Onkel Héctor, der in der Wüstenhütte anwesend war, in die Tuco Walter und Jesse verschleppt hatte, und der beobachtet hatte, wie Walter Tuco vergiften wollte, beauftragt sie damit, Walter zu ermorden. Da Gustavo Walter aber für die Herstellung von Methamphetamin benötigt, sorgt er dafür, dass die beiden ihn vorläufig verschonen müssen.
Walter wird Aufgrund seines zunehmenden Persönlichkeitswandels von der Schule suspendiert. Gustavo verstärkt seine Anstrengungen, Walter wieder für die Methamphetamin-Produktion zurückzugewinnen, indem er diesen und Jesse gegeneinander ausspielt. Jesse bietet seinem Lehrer 10% aller zukünftigen Profite für dessen Einverständnis, ihn nach Walters Verfahren produzieren zu lassen, was dieser jedoch ablehnt und Jesse sowie Saul mitteilt, er werde stattdessen selber für Gustavo tätig werden. Als neuer Assistent wird ihm dafür der Chemiker Gale Boetticher zur Seite gestellt, mit dem er in einem sogenannten Superlabor arbeitet, das sich getarnt unter einer Industriewäscherei befindet und in dem laut Gustavo mindestens 200 Pfund Methamphetamin pro Woche produziert werden sollen. Die Vereinbarung ist zunächst auf drei Monate beschränkt und soll Walter drei Millionen Dollar einbringen. Er zieht aus dem Familienhaus wieder aus und hinterlässt Skyler die unterschriebenen Scheidungspapiere.
Hank kommt Jesse auf die Spur und versucht dessen Wohnmobil aufzuspüren. Er bittet Walter um Hilfe, von dem er annimmt, dass Jesse ihn mit Marihuana versorgt hat. Aufgeschreckt und ohne Jesse informieren zu können, fährt Walter das mobile Drogenlabor auf einen Schrottplatz, wo es zerlegt werden soll. Jesse vermutet, Walter wolle ihn hintergehen und folgt ihm wütend, nicht ahnend, dass er von Hank beschattet wird und diesen so zum Wohnmobil führt. Indem er Hank glauben lässt, Marie hätte einen Unfall gehabt, gelingt es Walter, Hank vom Schrottplatz wegzulocken. Während dieser zum Krankenhaus eilt, landet das Wohnmobil in der Schrottpresse.
Als Hank begreift, dass er getäuscht worden ist, fährt er zu Jesse und schlägt diesen krankenhausreif, wofür er vom Dienst suspendiert wird. Unterdessen beharren Tucos Cousins gegenüber Gustavo darauf, Walter töten zu dürfen. Sie erhalten stattdessen seine Erlaubnis, den für Tucos Tod direkt verantwortlichen Hank zu töten.
Im Krankenhaus kündigt Jesse seinen Besuchern Walter und Saul an, nach seiner Entlassung weiter Methamphetamin herzustellen. Er droht, im Falle einer Verhaftung die Identität von „Heisenberg“ preiszugeben um sich seine eigene Freiheit zu erkaufen. Walter wird dadurch beunruhigt und täuscht Gus vor, dass die Zusammenarbeit mit Gale nicht funktioniere, um Jesse als seinen neuen Assistenten durchzusetzen, wofür dieser die Hälfte von Walters Anteil erhält.
Tucos Cousins lauern Hank auf, doch dieser kann die beiden überwinden, weil er in letzter Minute durch einen verschleierten Telefonanruf von Gustavo gewarnt wurde. Er tötet den einen und verletzt den anderen schwer, wird selbst aber von mehreren Kugeln getroffen, wodurch er anschließend gelähmt ist. Weil seine Versicherung die Kosten einer erfolgversprechenden Therapie nicht übernimmt, erklärt sich Skyler im Namen Walters bereit, die Rechnungen zu bezahlen. Um die Herkunft des Geldes zu plausibilisieren, behauptet sie, Walter habe es durch Kartenzählen beim Black Jack gewonnen, und sein Doppelleben als Glücksspieler sei auch der Grund für ihre Trennung von ihm gewesen.
Der überlebende Cousin wird im Krankenhaus auf Befehl von Gustavo getötet, während dieser die anwesende Polizei ablenkt. Gustavos Telefonat mit seiner Kontaktperson in Mexiko, in dem diese ihn bedroht, endet damit, dass Gustavo zufrieden zur Kenntnis nimmt, wie sein Gesprächspartner am anderen Ende der Leitung auf seinem eigenen Anwesen von mexikanischen Bundespolizisten erschossen wird.
Walter erkennt nun, dass Gustavo durch seine Warnung nicht nur ihn schützen wollte, sondern sich auch des Kartells entledigen konnte, auf dessen Lieferungen er dank des Superlabors nicht mehr angewiesen ist. Er lässt Gustavo wissen, dass er dessen Ambitionen durchschaut habe, den Drogenmarkt im Südwesten der USA zu beherrschen. Die beiden vereinbaren, dass Walter ein ganzes Jahr für Gustavo arbeitet, dafür 15 Millionen Dollar bekommt und gleichzeitig für die Sicherheit von Walters Familie gesorgt wird.
Jesse ist unzufrieden über das Arrangement mit Gustavo, da dessen Anteil am Profit um ein Vielfaches höher ist als der eigene. Er macht im Labor absichtlich falsche Angaben, um Methamphetamin abzweigen und auf eigene Faust verkaufen zu können, was Walter nach einiger Zeit auffällt. Dieser kauft auf Anraten seiner Frau Skyler die Autowaschanlage, in der er jahrelang gearbeitet hat, um über sie sein Geld zu waschen. Sie bietet ihm an, selbst in die Firma einzusteigen und die Bücher zu „frisieren“. Der depressive Hank will das Krankenhaus nicht verlassen, lässt sich jedoch von Marie überzeugen.
Bei einem Treffen
